The fasta data, gff3 data, and annotation files of tetraploid salicornia europaea genome

We reported a complete telomere-to-telomere (T2T) gap-free genome of tetraploid S. europaea using deep coverage ultralong Oxford Nanopore Technology (ONT), PacBio HiFi reads and High-Throughput Chromatin Conformation Capture (Hi-C) scaffolding technologies. The genome had a size of 984.58 Mb and contained annotated 41,963 protein- coding genes. Of the S. europaea genome, 70.11% comprised repeat sequences, with transposable elements (TEs) being the most abundant

本研究报道了一套利用超高覆盖度超长读长牛津纳米孔测序技术（ONT）、PacBio HiFi测序读段以及高通量染色质构象捕获（Hi-C）支架组装技术获得的四倍体盐角草（S. europaea）完整端粒到端粒（T2T）无间隙基因组。该基因组总大小为984.58 Mb，共注释得到41963个蛋白质编码基因。盐角草基因组中70.11%的序列为重复序列，其中转座因子（TEs）的丰度最高。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集提供了四倍体盐角草（Salicornia europaea）的完整基因组文件，包括fasta序列、gff3注释和注释文件，基于端粒到端粒（T2T）无间隙组装技术构建，基因组大小为984.58 Mb，包含41,963个蛋白编码基因和70.11%的重复序列。数据集适用于基因组学、植物生物学和农业科学研究，采用CC BY 4.0许可证开放访问。