Supplementary Tables for Bifidobacterium Colonization Study

Supplementary Tables for a study of Bifidobacterial colonization success after FMT. <br> Table S1: Bifidobacteria genomes. a) Accession numbers for Bifidobacteria reference genomes. b) Detection of Bifidobacteria MAGs in FMT metagenomes. c) Sample information and SRA accession numbers for publicly-available gut metagenomes used in this study. d) Detection of Bifidobacteria MAGs in global gut metagenomes. e) Prevalence of Bifidobacteria MAGs in global gut metagenomes. f) gANI percent identity between Bifidobacteria genomes. g) gANI percent alignment coverage between Bifidobacteria genomes. h) Bifidobacteria reference genomes from NCBI. i) Summary statistics for Bifidobacteria MAGs and reference genomes. Table S2: Bifidobacteria functional analysis. a) List of KEGG modules that are complete in at least one Bifidobacterium genome. b) KEGG module completeness scores in each Bifidobacterium genome. c) KEGG modules enriched in different Bifidobacteria species. d) KOfam presence and absence in Bifidobacteria genomes. e) KOfams enriched in different Bifidobacteria species. f) COG function presence and absence in Bifidobacteria genomes. g) COG functions enriched in different Bifidobacteria species.

本研究针对粪菌移植（Fecal Microbiota Transplantation, FMT）后双歧杆菌属定植成功率的配套补充表格数据集。
补充表S1：双歧杆菌基因组
a) 双歧杆菌参考基因组登录号；
b) FMT宏基因组中双歧杆菌宏基因组组装基因组（Metagenome-Assembled Genomes, MAGs）的检出情况；
c) 本研究所用公开肠道宏基因组的样本信息及序列读取档案（Sequence Read Archive, SRA）登录号；
d) 全球肠道宏基因组中双歧杆菌MAGs的检出情况；
e) 全球肠道宏基因组中双歧杆菌MAGs的流行率；
f) 双歧杆菌基因组间的基因组平均核苷酸一致性（genomic Average Nucleotide Identity, gANI）百分比相似度；
g) 双歧杆菌基因组间的gANI百分比比对覆盖度；
h) 源自NCBI的双歧杆菌参考基因组；
i) 双歧杆菌MAGs与参考基因组的统计汇总信息。
补充表S2：双歧杆菌功能分析
a) 至少在一株双歧杆菌基因组中完整存在的京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）模块列表；
b) 各双歧杆菌基因组的KEGG模块完整度得分；
c) 不同双歧杆菌物种中富集的KEGG模块；
d) 双歧杆菌基因组中KOfam家族的存在与缺失情况；
e) 不同双歧杆菌物种中富集的KOfam家族；
f) 双歧杆菌基因组中直系同源基因簇（Cluster of Orthologous Groups, COG）功能的存在与缺失情况；
g) 不同双歧杆菌物种中富集的COG功能。