Atomistic Picture of Opening-Closing Dynamics of DNA Holliday Junction Obtained by Molecular Simulations: Simulations Topology, Coordinate, Parameters, Input and Output files

The simulation data for the article: Atomistic Picture of Opening-Closing Dynamics of DNA Holliday Junction Obtained by Molecular Simulations. eq_mini.tar.gz: Includes the parameter files required for the equilibration and minimization protocol. standard_md.tar.gz: Includes the topology files and coordinate files for all systems built in the article. Also include the hbfix parameters file required on the MD run, and the MD script file. metad.tar.gz: Includes the topology files, coordinates files and gromacs parameter input file (.mdp) used for WT-MetaD-HREX simulations. The corresponding script files and Plumed files are in GitHub. metad*fe*.tar.gz: Plumed HILLS files and metad.bias data used for drawing the free energy landscapes. ions.tar.gz: Data used for Figure.3 in the manuscript si_data.tar.gz: All data used for SI figures.

本数据集为论文《基于分子模拟得到DNA霍利迪连接体开闭动力学的原子级图景》的配套模拟数据。
eq_mini.tar.gz：包含平衡化与能量最小化流程所需的参数文件。
standard_md.tar.gz：包含论文中构建的所有体系的拓扑文件与坐标文件，同时包含分子动力学（MD）运行所需的hbfix参数文件以及MD脚本文件。
metad.tar.gz：包含用于WT-MetaD-HREX模拟的拓扑文件、坐标文件以及GROMACS参数输入文件（.mdp）。对应的脚本文件与Plumed文件已上传至GitHub。
metad*fe*.tar.gz：用于绘制自由能面所需的Plumed HILLS文件与metad.bias数据文件。
ions.tar.gz：对应论文手稿中图3所用的数据。
si_data.tar.gz：所有支撑信息（SI）插图所需的全部数据。