ANTsPyMM testing data

Name: ANTsPyMM testing data
Creator: figshare
Published: 2025-07-02 13:01:48
License: 暂无描述

DataCite Commons2025-07-02 更新2025-09-08 收录

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📜 Data Use Policy ⚠️ **Important:**Use of these data is subject to the PPMI Data Use Agreement (DUA). see data access here Any researcher accessing or processing these data must have:- Registered for access through https://www.ppmi-info.org- Agreed to and been approved under the terms of the **PPMI DUA** Unauthorized distribution, use outside of approved projects, or sharing with unapproved parties is strictly prohibited. ---Each subdirectory contains:- `*.nii.gz`: NIfTI image file- `*.json`: Acquisition metadata- (for DTI) `*.bval`, `*.bvec`: Diffusion encoding information --- ## 🧠 Modalities Included | Modality | Description ||---------------|---------------------------------------------------|| `T1w` | High-resolution T1-weighted anatomical scan || `T2Flair` | T2-weighted FLAIR for white matter lesions || `DTI_LR/RL` | Diffusion tensor imaging with reverse PE || `rsfMRI_LR/RL`| Resting-state fMRI with reverse PE || `NM2DMT` | Neuromelanin-sensitive imaging, multiple echoes | --- ## 🧪 Suggested Usage This dataset is suitable for:- Diffusion tensor modeling and tractography- Structural morphometry- Resting-state functional connectivity- Neuromelanin contrast analysis If using this data in publications, cite PPMI appropriately and acknowledge the data access agreement. --- ## 🔧 Processing Notes - Images are in NIfTI format, aligned to scanner space.- Direction matrices and voxel spacing are encoded in metadata.- DTI data includes `.bval` and `.bvec` files consistent with FSL/BIDS format.- Dual phase encoding in rsfMRI/DTI can be used for susceptibility distortion correction. --- For questions about this dataset or how to process it within a specific pipeline (e.g., ANTs, FSL, AFNI, BIDS), feel free to reach out. └── PPMI└── 101018└── 20210412├── DTI_LR│ └── 1496234│ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_LR-1496234.bval│ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_LR-1496234.bvec│ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_LR-1496234.json│ └── PPMI-101018-20210412-DTI_LR-1496234.nii.gz├── DTI_RL│ └── 1496263│ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_RL-1496263.bval│ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_RL-1496263.bvec│ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_RL-1496263.json│ └── PPMI-101018-20210412-DTI_RL-1496263.nii.gz├── NM2DMT│ ├── 1496228│ │ ├── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496228.json│ │ └── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496228.nii.gz│ ├── 1496229│ │ ├── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496229.json│ │ └── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496229.nii.gz│ ├── 1496230│ │ ├── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496230.json│ │ └── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496230.nii.gz│ ├── 1496231│ │ ├── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496231.json│ │ └── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496231.nii.gz│ └── 1496232│ ├── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496232.json│ └── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496232.nii.gz├── rsfMRI_LR│ └── 1496227│ ├── PPMI-101018-20210412-rsfMRI_LR-1496227.json│ └── PPMI-101018-20210412-rsfMRI_LR-1496227.nii.gz├── rsfMRI_RL│ └── 1496226│ ├── PPMI-101018-20210412-rsfMRI_RL-1496226.json│ └── PPMI-101018-20210412-rsfMRI_RL-1496226.nii.gz├── T1w│ └── 1496225│ ├── PPMI-101018-20210412-T1w-1496225.json│ └── PPMI-101018-20210412-T1w-1496225.nii.gz└── T2Flair└── 1496233├── PPMI-101018-20210412-T2Flair-1496233.json└── PPMI-101018-20210412-T2Flair-1496233.nii.gz 22 directories, 26 filesResults notes: four files demonstrate results of repeated runs on the same computer with different numbers of threads:PPMI-101018-20210412-1496225-th1-mmwide_run1.csv PPMI-101018-20210412-1496225-th4-mmwide_run1.csvPPMI-101018-20210412-1496225-th1-mmwide_run2.csv PPMI-101018-20210412-1496225-th4-mmwide_run2.csvth1 = single thread th4 = 4 threadsMacBook-Pro.local 24.5.0 Darwin Kernel Version 24.5.0: Tue Apr 22 19:54:25 PDT 2025; root:xnu-11417.121.6~2/RELEASE_ARM64_T6020 arm64

📜 **数据使用政策** ⚠️ **重要提示**：本数据集的使用需遵循**PPMI数据使用协议（PPMI Data Use Agreement, DUA）**，请点击此处查看数据获取方式。所有访问或处理本数据集的研究人员需满足以下要求： 1. 通过https://www.ppmi-info.org/ 注册获取访问权限； 2. 同意并通过PPMI数据使用协议的条款审批。未经授权的分发、超出批准项目范围的使用，或向未获批方共享数据均严格禁止。 --- 每个子目录包含以下类型文件： - `*.nii.gz`：NIfTI图像文件（NIfTI image file） - `*.json`：采集元数据 - （针对扩散张量成像）`*.bval`、`*.bvec`：扩散编码信息 --- ## 🧠 包含的成像模态 | 成像模态 | 详细描述 | |---------|----------| | `T1w` | 高分辨率T1加权解剖扫描 | | `T2Flair` | 用于检测白质病变的T2加权液体衰减反转恢复序列成像 | | `DTI_LR/RL` | 带有反向相位编码（Phase Encoding, PE）的扩散张量成像（Diffusion Tensor Imaging, DTI） | | `rsfMRI_LR/RL` | 带有反向相位编码的静息态功能磁共振成像（Resting-state fMRI, rsfMRI） | | `NM2DMT` | 多回波神经黑色素敏感成像 | --- ## 🧪 推荐应用场景本数据集适用于以下研究方向： - 扩散张量建模与纤维束追踪 - 结构形态测量学分析 - 静息态功能连接分析 - 神经黑色素对比成像分析若将本数据集用于学术发表，请合理引用PPMI并致谢数据使用协议。 --- ## 🔧 处理说明 - 图像采用NIfTI格式，已对齐至扫描仪空间； - 方向矩阵与体素间距已编码至元数据文件中； - 扩散张量成像数据附带符合FSL/BIDS格式规范的`.bval`与`.bvec`文件； - 静息态功能磁共振成像与扩散张量成像中的双相位编码可用于磁敏感畸变校正。 --- 若对本数据集或特定流程（如ANTs、FSL、AFNI、BIDS）中的数据处理存在疑问，欢迎咨询。 ### 示例目录结构 └── PPMI └── 101018 └── 20210412 ├── DTI_LR │ └── 1496234 │ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_LR-1496234.bval │ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_LR-1496234.bvec │ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_LR-1496234.json │ └── PPMI-101018-20210412-DTI_LR-1496234.nii.gz ├── DTI_RL │ └── 1496263 │ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_RL-1496263.bval │ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_RL-1496263.bvec │ ├── PPMI-101018-20210412-DTI_RL-1496263.json │ └── PPMI-101018-20210412-DTI_RL-1496263.nii.gz ├── NM2DMT │ ├── 1496228 │ │ ├── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496228.json │ │ └── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496228.nii.gz │ ├── 1496229 │ │ ├── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496229.json │ │ └── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496229.nii.gz │ ├── 1496230 │ │ ├── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496230.json │ │ └── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496230.nii.gz │ ├── 1496231 │ │ ├── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496231.json │ │ └── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496231.nii.gz │ └── 1496232 │ ├── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496232.json │ └── PPMI-101018-20210412-NM2DMT-1496232.nii.gz ├── rsfMRI_LR │ └── 1496227 │ ├── PPMI-101018-20210412-rsfMRI_LR-1496227.json │ └── PPMI-101018-20210412-rsfMRI_LR-1496227.nii.gz ├── rsfMRI_RL │ └── 1496226 │ ├── PPMI-101018-20210412-rsfMRI_RL-1496226.json │ └── PPMI-101018-20210412-rsfMRI_RL-1496226.nii.gz ├── T1w │ └── 1496225 │ ├── PPMI-101018-20210412-T1w-1496225.json │ └── PPMI-101018-20210412-T1w-1496225.nii.gz └── T2Flair └── 1496233 ├── PPMI-101018-20210412-T2Flair-1496233.json └── PPMI-101018-20210412-T2Flair-1496233.nii.gz 本数据集总计包含22个目录，26个文件。 --- ### 结果说明以下4个文件展示了在同一台计算机上使用不同线程数重复运行的测试结果： 1. `PPMI-101018-20210412-1496225-th1-mmwide_run1.csv` 2. `PPMI-101018-20210412-1496225-th4-mmwide_run1.csv` 3. `PPMI-101018-20210412-1496225-th1-mmwide_run2.csv` 4. `PPMI-101018-20210412-1496225-th4-mmwide_run2.csv` 其中`th1`代表单线程运行，`th4`代表4线程运行。测试环境：MacBook-Pro.local 24.5.0 Darwin Kernel Version 24.5.0: Tue Apr 22 19:54:25 PDT 2025; root:xnu-11417.121.6~2/RELEASE_ARM64_T6020 arm64

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