Additional file 2: of Genomic insights into host adaptation between the wheat stripe rust pathogen (Puccinia striiformis f. sp. tritici) and the barley stripe rust pathogen (Puccinia striiformis f. sp. hordei)

Table SE1. Summary of transposable elements in Puccinia striiformis f. sp. tritici and P. striiformis f. sp. hordei genomes. Table SE2. Comparison of the annotated CAZyme genes among Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), P. striiformis f. sp. hordei (Psh), Blumeria graminis f. sp. tritici (Bgt) and B. graminis f. sp. hordei (Bgh). Table SE3. Mating-related genes in Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), P. striiformis f. sp. hordei (Psh), Blumeria graminis f. sp. tritici (Bgt) and B. graminis f. sp. hordei (Bgh). Table SE4. Comparison of the annotated peptidases genes among Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), P. striiformis f. sp. hordei (Psh), Blumeria graminis f. sp. tritici (Bgt) and B. graminis f. sp. hordei (Bgh). Table SE5. Comparison of the annotated genes in isolate Pst (93–210) (Table SE5a) and Psh (93TX-2) (Table SE5b) using the Pathogen-Host-Interaction database. Table SE6. Summary of secondary-metabolite gene classes in 17 fungal plant pathogens. Table SE7. Comparison of the annotated transcription factor genes among nine fungal species or formae speciales. Table SE8. Comparison of the annotated transporter genes among Puccinia striiformis f. sp. hordei (Psh); P. striiformis f. sp. tritici (Psh); Blumeria graminis f. sp. hordei (Bgh) and B. graminis f. sp. tritici (Bgt). Table SE9. The list of fungal genomes and their resources used in this study. Table SE10. Summary of orthologues detected in 16 fungal plant pathogens using the OrthoFinder program. Table SE11. KEGG pathways annotated using GhostKOALA for Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst) and P. striiformis f. sp. hordei (Psh) isolates. Table SE11a. The numbers of conserved, specific and lost genes in Pst (93–210) and Psh (93TX-2); Table SE11b. Annotation of genes of KEGG pathways in Pst (93–210); and Table SE11c. Annotation of genes of KEGG pathways in Psh (93TX-2). Table SE12. List of exclusively expressed isolate-specific genes in isolates Pst (93–210) and Psh (93Tx-2) of Puccinia striiformis absent in the genome of the opposite isolate. Table SE13. List of exclusively expressed genes in isolates Pst (93–210) and Psh (93Tx-2) of Puccinia striiformis that are present in the genomes of both isolates. (ZIP 1140 kb)

表SE1：小麦条锈菌（Puccinia striiformis f. sp. tritici）与大麦条锈菌（Puccinia striiformis f. sp. hordei）基因组中转座因子的汇总统计；
表SE2：小麦条锈菌（Pst）、大麦条锈菌（Psh）、小麦白粉菌（Bgt）与大麦白粉菌（Bgh）之间注释的碳水化合物活性酶（CAZyme）基因的比较分析；
表SE3：小麦条锈菌（Pst）、大麦条锈菌（Psh）、小麦白粉菌（Bgt）与大麦白粉菌（Bgh）中的交配相关基因列表；
表SE4：小麦条锈菌（Pst）、大麦条锈菌（Psh）、小麦白粉菌（Bgt）与大麦白粉菌（Bgh）之间注释的肽酶基因的比较分析；
表SE5：利用病原菌-宿主互作数据库（Pathogen-Host-Interaction database）对菌株Pst（93–210，对应表SE5a）与Psh（93TX-2，对应表SE5b）中的注释基因进行的比较分析；
表SE6：17种植物病原真菌的次生代谢物基因家族汇总统计；
表SE7：9个真菌物种或专化型之间注释的转录因子基因的比较分析；
表SE8：大麦条锈菌（Psh）、小麦条锈菌（Psh）、大麦白粉菌（Bgh）与小麦白粉菌（Bgt）之间注释的转运蛋白基因的比较分析；
表SE9：本研究中使用的真菌基因组及其相关资源列表；
表SE10：利用OrthoFinder软件在16种植物病原真菌中检测到的直系同源基因汇总统计；
表SE11：利用GhostKOALA工具对小麦条锈菌（Pst）与大麦条锈菌（Psh）菌株进行注释得到的京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路信息；
表SE11a：菌株Pst（93–210）与Psh（93TX-2）中保守基因、特异基因与缺失基因的数量统计；
表SE11b：菌株Pst（93–210）的KEGG通路基因注释信息；
表SE11c：菌株Psh（93TX-2）的KEGG通路基因注释信息；
表SE12：条锈菌菌株Pst（93–210）与Psh（93Tx-2）中，仅在自身菌株中表达且不存在于对方菌株基因组中的菌株特异基因列表；
表SE13：条锈菌菌株Pst（93–210）与Psh（93Tx-2）中，在两个菌株基因组中均存在且仅在自身菌株中表达的基因列表；
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