Local origin of excitatory-inhibitory tuning equivalence in a cortical network (Duszkiewicz et al 2024)

Datasets from the manuscript:<br>Duszkiewicz et al, Nature Neuroscience, 2024The dataset contains recordings made from postsubiculum (PoSub, also called dorsal presubiculum) and anterodorsal thalamic nucleus (ADN) in freely moving mice. Electrode placement was confirmed by histology. Many recording sessions (especially in Datasets 1, 2 and 3) include large ensembles of simultaneously recorded head-direction cells. The dataset is divided into 6 parts:<br><b>Dataset_1</b>: PoSub recordings with a 64-channel silicon probe. Open field exploration and sleep. Silicon probe implanted parallel to the cortical layers (20 degree angle from vertical plane), 17 recordings from 17 mice. Each recording folder in the above dataset contains three sub-folders:· Data: files necessary for new analyses (spike times, mean waveforms, position, head direction, cell type classification, etc.)· Analysis: additional files related to analyses described in Duszkiewicz et al, 2024 (tuning curves, Fourier spectra, GLM coupling, Isomap projections, etc.)· Sleep: sleep scoring output of SleepScoreMaster (WAKE, REM and NREM epochs, pseudo-EMG, etc.)<br><b>Dataset_2</b>: PoSub recordings with a 64-channel silicon probe implanted vertically (across cortical layers). Open field exploration and sleep, 14 recordings from 14 mice. Each recording folder in the above dataset contains three sub-folders:· Data: files necessary for new analyses (spike times, mean waveforms, position, head direction, cell type classification, etc.)· Analysis: additional files related to analyses described in Duszkiewicz et al, 2024 (tuning curves, Fourier spectra, GLM coupling, Isomap projections, etc.)· Sleep: sleep scoring output of SleepScoreMaster (WAKE, REM and NREM epochs, pseudo-EMG, etc.)<br><b>Dataset_ 3</b>: PoSub recordings with a 64-channel silicon probe implanted parallel to the cortical layers. Cue rotation task, 6 recordings from 6 mice. Regular open field recording sessions from all of these animals are included in Dataset 2. Each recording folder in the above dataset contains two sub-folders:· Data: files necessary for analysis (spike times, mean waveforms, position, head direction, cell type classification, cue epoch intervals, etc.)· Analysis: additional files related to analyses described in Duszkiewicz et al, 2024 (tuning curves, Bayesian decoding, etc.)<br><b>Dataset_4</b>: One RSC-PoSub recording session with a Neuropixel 1.0 silicon probe implanted parallel to the cortical layers (20 degree angle from vertical plane). Open field exploration and sleep. The recording folder in the above dataset contains two sub-folders:· Data: files necessary for new analyses (spike times, mean waveforms, position, head direction, cell type classification, etc.)· Analysis: additional files related to analyses described in Duszkiewicz et al, 2024 (tuning curves, Fourier spectra, GLM coupling, Isomap projections, etc.)<br><b>Dataset_ 5</b>: ADN recordings with a 32-channel 4-shank silicon probe. Open field exploration and sleep, 19 recordings from 7 mice.· Data: files necessary for analysis (spike times, mean waveforms, position, head direction, cell type classification, etc.)· Analysis: files related to analyses described in Duszkiewicz et al, 2024 (tuning curves, Fourier spectra, GLM coupling, Isomap projections, etc.)<br><b>Dataset_6</b>: PoSub and ADN recordings with several types of silicon probes (linear 64-channel or 4-shank 32-channel). Optogenetic inactivation of TRN input to ADN during open field exploration. Some of the sessions are also included in Datasets 1 and 5 (for analysis of HD tuning etc.). Each recording folder in the above dataset contains one sub-folder:· Data: files necessary for new analyses (spike times, position, head direction, cell type classification, timestamps of optogenetic stimulation, etc.)<br>

本数据集来自论文：Duszkiewicz 等，《自然·神经科学》（*Nature Neuroscience*），2024年。
该数据集收录了自由活动小鼠的后下托皮层（postsubiculum，简称PoSub，又称背侧前下托皮层）与前背侧丘脑核（anterodorsal thalamic nucleus，简称ADN）的神经活动记录。电极植入位置均经组织学（histology）验证。多数记录时段，尤其数据集1、2、3中，包含大量同时记录的头部方向细胞（head-direction cells）集群。本数据集共分为6个部分：
**数据集1**：采用与皮层表层平行植入（与垂直面呈20°夹角）的64通道硅基电极阵列（64-channel silicon probe），记录PoSub的神经活动，包含旷场探索（open field exploration）与睡眠阶段数据。共完成17次记录，来自17只小鼠。该数据集下的每个记录文件夹包含3个子文件夹：
· 数据（Data）：用于新分析的必要文件（包括动作电位时序（spike times）、平均波形（mean waveforms）、位置信息（position）、头部方向（head direction）、细胞类型分类（cell type classification）结果等）
· 分析（Analysis）：与Duszkiewicz等2024年论文中所述分析相关的附加文件（包括调谐曲线（tuning curves）、傅里叶频谱（Fourier spectra）、广义线性模型（Generalized Linear Model，GLM）耦合分析、等距映射投影（Isomap projections）结果等）
· 睡眠（Sleep）：SleepScoreMaster睡眠评分工具的输出结果（包括觉醒（WAKE）、快速眼动睡眠（REM）、非快速眼动睡眠（NREM）时段，伪肌电（pseudo-EMG）数据等）
**数据集2**：采用垂直植入（跨皮层表层）的64通道硅基电极阵列（64-channel silicon probe），记录PoSub的神经活动，包含旷场探索（open field exploration）与睡眠阶段数据。共完成14次记录，来自14只小鼠。该数据集下的每个记录文件夹包含3个子文件夹：
· 数据（Data）：用于新分析的必要文件（包括动作电位时序（spike times）、平均波形（mean waveforms）、位置信息（position）、头部方向（head direction）、细胞类型分类（cell type classification）结果等）
· 分析（Analysis）：与Duszkiewicz等2024年论文中所述分析相关的附加文件（包括调谐曲线（tuning curves）、傅里叶频谱（Fourier spectra）、广义线性模型（GLM）耦合分析、等距映射投影（Isomap projections）结果等）
· 睡眠（Sleep）：SleepScoreMaster睡眠评分工具的输出结果（包括觉醒（WAKE）、快速眼动睡眠（REM）、非快速眼动睡眠（NREM）时段，伪肌电（pseudo-EMG）数据等）
**数据集3**：采用与皮层表层平行植入的64通道硅基电极阵列（64-channel silicon probe），记录PoSub的神经活动，包含线索旋转任务（cue rotation task）范式数据。共完成6次记录，来自6只小鼠。上述所有动物的常规旷场记录时段已收录于数据集2。该数据集下的每个记录文件夹包含2个子文件夹：
· 数据（Data）：用于分析的必要文件（包括动作电位时序（spike times）、平均波形（mean waveforms）、位置信息（position）、头部方向（head direction）、细胞类型分类（cell type classification）结果、线索时段间隔（cue epoch intervals）等）
· 分析（Analysis）：与Duszkiewicz等2024年论文中所述分析相关的附加文件（包括调谐曲线（tuning curves）、贝叶斯解码（Bayesian decoding）结果等）
**数据集4**：采用与皮层表层平行植入（与垂直面呈20°夹角）的Neuropixel 1.0硅基电极阵列，完成1次后扣带回皮层-后下托皮层（retrosplenial cortex-postsubiculum，RSC-PoSub）同时记录，包含旷场探索（open field exploration）与睡眠阶段数据。该数据集下的记录文件夹包含2个子文件夹：
· 数据（Data）：用于新分析的必要文件（包括动作电位时序（spike times）、平均波形（mean waveforms）、位置信息（position）、头部方向（head direction）、细胞类型分类（cell type classification）结果等）
· 分析（Analysis）：与Duszkiewicz等2024年论文中所述分析相关的附加文件（包括调谐曲线（tuning curves）、傅里叶频谱（Fourier spectra）、广义线性模型（GLM）耦合分析、等距映射投影（Isomap projections）结果等）
**数据集5**：采用32通道4硅针硅基电极阵列，记录ADN的神经活动，包含旷场探索（open field exploration）与睡眠阶段数据。共完成19次记录，来自7只小鼠。该数据集下的每个记录文件夹包含2个子文件夹：
· 数据（Data）：用于分析的必要文件（包括动作电位时序（spike times）、平均波形（mean waveforms）、位置信息（position）、头部方向（head direction）、细胞类型分类（cell type classification）结果等）
· 分析（Analysis）：与Duszkiewicz等2024年论文中所述分析相关的文件（包括调谐曲线（tuning curves）、傅里叶频谱（Fourier spectra）、广义线性模型（GLM）耦合分析、等距映射投影（Isomap projections）结果等）
**数据集6**：采用多种类型的硅基电极阵列（线性64通道或4硅针32通道），同时记录PoSub与ADN的神经活动，包含旷场探索期间对丘脑网状核（thalamic reticular nucleus，TRN）向ADN的输入进行光遗传失活（optogenetic inactivation）的范式数据。部分记录时段已收录于数据集1和5（用于头部方向调谐特性等分析）。该数据集下的每个记录文件夹包含1个子文件夹：
· 数据（Data）：用于新分析的必要文件（包括动作电位时序（spike times）、位置信息（position）、头部方向（head direction）、细胞类型分类（cell type classification）结果、光遗传刺激时间戳（timestamps of optogenetic stimulation）等）