profile HMMs, alignments, and phylogenetic trees

Folder "HMMs" contains profile HMMs used for HMMER searches of proteins of membrane-trafficking system (MTS) in diplonemids.Folder "diplonemids_trees" contains full (xxx.mafft.aln) and trimmed (xxx.trimal.aln) alignments and tree files in Newick format (xxx.mb+raxml.tre) for phylogenetic analyses of diplonemid MTS proteins.Folder "mantamonas_tree" contains full (xxx.mafft.aln) and trimmed (xxx.trimal.aln) alignments and tree files in Newick format for phylogenetic analyses (xxx.mb+raxml.tre) of <i>Mantamonas</i> MTS proteins.<br>

文件夹"HMMs"内含用于通过HMMER工具搜索双滴虫（diplonemids）膜运输系统（membrane-trafficking system, MTS）蛋白质的剖面隐马尔可夫模型（profile Hidden Markov Model, HMM）文件。
文件夹"diplonemids_trees"内含用于双滴虫MTS蛋白质系统发育分析的多序列比对文件与系统发育树文件：其中完整比对文件格式为xxx.mafft.aln，经修剪的比对文件格式为xxx.trimal.aln；系统发育树文件采用Newick格式，命名格式为xxx.mb+raxml.tre。
文件夹"mantamonas_tree"内含用于曼塔虫属（*Mantamonas*）MTS蛋白质系统发育分析的多序列比对文件与Newick格式系统发育树文件：完整比对文件格式为xxx.mafft.aln，经修剪的比对文件格式为xxx.trimal.aln，系统发育树文件的命名格式为xxx.mb+raxml.tre。