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KEGG_build_2024-03-09

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DataCite Commons2024-09-09 更新2024-08-19 收录
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An archived version of the KEGG data directory for use in anvi'o. Can be set up on a computer with an anvi'o installation using the command `anvi-setup-kegg-data --kegg-archive KEGG_build_2024-03-09_23910d68b4f2.tar.gz` (specify a --kegg-data-dir to avoid overriding the default KEGG data directory, if one exists).This is the first KEGG snapshot for anvi'o that contains estimated bit score thresholds for what we call 'stray KOs', or KEGG Orthologs without bit score thresholds provided by KEGG. We have generated new KOfam models for some of these KO families to incorporate newly-added sequences from the KEGG GENES database, and these models are also in this snapshot. However, it does <i>not</i> contain data for metabolic modeling.Contains MODULES.db version 4.<br>Hash value of the database is 23910d68b4f2

适用于anvi'o的KEGG数据目录归档版本。可在已安装anvi'o的计算机上通过命令`anvi-setup-kegg-data --kegg-archive KEGG_build_2024-03-09_23910d68b4f2.tar.gz`完成部署,若需避免覆盖已存在的默认KEGG数据目录,可通过指定`--kegg-data-dir`参数自定义数据存储路径。这是首个适配anvi'o的KEGG快照,其中包含了针对“游离KO(stray KOs)”的估算比特得分阈值:所谓游离KO,即KEGG未提供比特得分阈值的KEGG直系同源组(KEGG Orthologs,简称KO)。我们针对部分此类KO家族构建了全新的KOfam模型,以纳入KEGG GENES数据库中新添加的序列,此类模型同样包含于本快照中。但本快照并未包含代谢建模相关数据。本快照包含MODULES.db版本4。该数据库的哈希值为23910d68b4f2。
提供机构:
figshare
创建时间:
2024-03-05
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