Materials for "Neuron ID dataset facilitates neuronal annotation for whole-brain activity imaging of C. elegans"

This dataset is materials for a paper entitled "Neuron ID dataset facilitates neuronal annotation for whole-brain activity imaging of C. elegans"(Preprint on bioRxiv: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/698241v2)<br>This dataset includes following materials:<br><br>Additional file 1: Dataset S1 (zip): Neuron ID dataset (contains positions and expression patterns) and corresponding static 3D images.Additional file 2: Table S1 (xlsx): Summary of neuron ID dataset including expression patterns of the promoters. Additional file 3: Figure S1 (pdf): Correction of posture of the worms.Additional file 4: Figure S2 (pdf): Performance and robustness of the posture correction.Additional file 5: Table S2 (xlsx): Summary statistics for Additional file 4: Figure S2. Additional file 6: Figure S3 (pdf): Movements of the cells during time-lapse imaging.Additional file 7: Table S3 (xlsx): Summary statistics for Additional file 6: Figure S3. Additional file 8: Figure S4 (pdf): Overlay plot of cell positions for all worms Additional file 9: Figure S5 (pdf): Specific-cell-centered landscape. Additional file 10: Figure S6 (pdf): Less varying neuron pairs.Additional file 11: Figure S7 (pdf): Position of posterior pharyngeal bulb affects cell positionsAdditional file 12: Table S4 (xlsx): Summary statistics for Additional file 11: Figure S7.Additional file 13: Figure S8 (pdf): Stability and sparseness of expression pattern.Additional file 14: Table S5 (xlsx): Evaluation result of promoter combinations.Additional file 15: Figure S9 (pdf): An example fluorescent image of JN3039 strain and annotated cell names.Additional file 16 (zip): Dataset S2: Positions of nuclei and expression patterns of landmark fluorescence in the whole-brain imaging strains as the test data for automatic annotation and corresponding static 3D images.Additional file 17: Figure S10 (pdf): Health of 4D strains.Additional file 18: Table S6 (xlsx): Summary statistics for Additional file 17: Figure S10.Additional file 19: Figure S11 (pdf): Comparison of the synthetic atlas and the neuron ID datasetAdditional file 20: Figure S12 (pdf): Variation of relative position of cell pairsAdditional file 21: Figure S13 (pdf): Error rate of each bipartite matching and majority voting.Additional file 22: Figure S14 (pdf): Relationship between error rate of automatic annotation for JN3039 and detected count in the neuron ID datasetAdditional file 23: Figure S15 (pdf): Error rates of the automatic annotation method for the animals in a microfluidic chip Additional file 24: Dataset S3 (zip): A tutorial for semi-automatic annotation using our software.Additional file 25: Figure S16 (pdf): Correct ratio of automatic annotation and its improvement by manual annotationAdditional file 26: Figure S17 (pdf): Most valuable cells for improving accuracy of automatic annotation Additional file 27: Note S1 (docx): Optimization of parameters for atlas generationAdditional file 28: Dataset S4 (zip): Sequences of the promoters in Table 1.Additional file 29: Dataset S5 (zip): All codes for the GUI RoiEdit3D and analysis pipeline to make figures.

本数据集为一篇题为《神经元ID数据集助力秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans，简称C. elegans）全脑活动成像的神经元注释》的论文配套资料（预印本发布于bioRxiv：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/698241v2）。
本数据集包含以下配套材料：

1. 附加文件1：数据集S1（ZIP压缩包）：神经元ID数据集（Neuron ID dataset），包含神经元位置与表达模式，以及对应的静态三维图像。
2. 附加文件2：表S1（XLSX）：神经元ID数据集汇总表，涵盖启动子的表达模式信息。
3. 附加文件3：图S1（PDF）：秀丽隐杆线虫虫体姿态校正方法。
4. 附加文件4：图S2（PDF）：姿态校正的性能与鲁棒性分析。
5. 附加文件5：表S2（XLSX）：附加文件4（图S2）的汇总统计数据。
6. 附加文件6：图S3（PDF）：延时成像过程中的细胞运动情况。
7. 附加文件7：表S3（XLSX）：附加文件6（图S3）的汇总统计数据。
8. 附加文件8：图S4（PDF）：所有受试线虫的细胞位置叠加图。
9. 附加文件9：图S5（PDF）：以特定细胞为中心的可视化图谱。
10. 附加文件10：图S6（PDF）：变异程度较低的神经元对。
11. 附加文件11：图S7（PDF）：咽后球位置对细胞空间位置的影响。
12. 附加文件12：表S4（XLSX）：附加文件11（图S7）的汇总统计数据。
13. 附加文件13：图S8（PDF）：表达模式的稳定性与稀疏性分析。
14. 附加文件14：表S5（XLSX）：启动子组合的评估结果。
15. 附加文件15：图S9（PDF）：JN3039菌株的典型荧光图像及注释后的细胞名称。
16. 附加文件16（ZIP压缩包）：数据集S2：全脑成像菌株的细胞核位置与地标荧光表达模式数据，作为自动注释的测试数据集，及对应静态三维图像。
17. 附加文件17：图S10（PDF）：4D成像菌株的健康状态分析。
18. 附加文件18：表S6（XLSX）：附加文件17（图S10）的汇总统计数据。
19. 附加文件19：图S11（PDF）：合成图谱与神经元ID数据集的对比分析。
20. 附加文件20：图S12（PDF）：神经元对相对位置的变异情况。
21. 附加文件21：图S13（PDF）：二分匹配与多数投票的错误率分析。
22. 附加文件22：图S14（PDF）：JN3039菌株自动注释错误率与神经元ID数据集中检测到的细胞数量的相关性分析。
23. 附加文件23：图S15（PDF）：微流控芯片中受试动物的自动注释方法错误率分析。
24. 附加文件24：数据集S3（ZIP压缩包）：使用本研究开发软件进行半自动注释的教程文件。
25. 附加文件25：图S16（PDF）：自动注释的正确比例及人工注释后的性能提升情况。
26. 附加文件26：图S17（PDF）：提升自动注释准确率的最关键细胞集。
27. 附加文件27：注记S1（DOCX）：图谱生成过程中的参数优化方法。
28. 附加文件28：数据集S4（ZIP压缩包）：表1中提及的启动子序列数据。
29. 附加文件29：数据集S5（ZIP压缩包）：用于构建图形用户界面（Graphical User Interface，GUI）工具RoiEdit3D及生成所有图表的完整代码与分析流程。