GPSAdb

GPSAdb is a powerful platform that aims to assist life science researchers to easily access and analyze public perturbed data and explore differential gene expression data in depth. The current version of GPSAdb collected 3048 RNA-seq datasets associated with 1458 genes, which were knocked out/down by siRNA, shRNA, CRISPR/Cas9, or CRISPRi.

GPSAdb是一款功能强大的科研平台，旨在助力生命科学领域研究者便捷获取、分析公开扰动组学数据，并深入挖掘差异基因表达数据。当前版本的GPSAdb已收录3048个与1458个基因相关的RNA测序（RNA-seq）数据集，这些基因均通过小干扰RNA（siRNA）、短发夹RNA（shRNA）、CRISPR/Cas9或CRISPR干扰（CRISPRi）实现了基因敲除或敲降。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

GPSAdb 2.0是一个包含7,665个扰动组（42,235个RNA-seq样本）的数据库，覆盖了1,063个细胞系中的2,810个目标基因。它提供了丰富的功能，包括基因集富集分析、上游调控基因识别和扰动转录组分析，旨在帮助用户快速、透明地发现调控基因、阐明疾病机制并优先考虑潜在的治疗靶点。