QUADRatlas

QUADRatlas is a database of experimentally-derived and computationally predicted RNA G-quadruplex (RG4s) in the human transcriptome, enriched with biological function and disease associations. QUADRatlas includes known interactions of RG4s with RNA-binding proteins (RBPs), complemented with an extensive RBP binding sites dataset. Users can thus intersect RG4s with their potential regulators and effectors, enabling the formulation of novel hypotheses on RG4 regulation, function and pathogenicity. To support this capability, we provide analysis tools for predicting whether an RBP can bind RG4s, RG4 enrichment in a gene set, and de novo RG4 prediction. Genome-browser and table views allow exploring, filtering, and downloading the data quickly for individual genes and in batch.QUADRatlas是一个收录人类转录组中经实验验证及计算预测得到的RNA G-四链体（RNA G-quadruplex，RG4s）的数据库，其附带丰富的生物学功能与疾病关联信息。QUADRatlas收录了已被报道的RG4与RNA结合蛋白（RNA-binding proteins，RBPs）的相互作用数据，并辅以大规模的RBP结合位点数据集。用户可借此将RG4与其潜在调控因子及效应因子进行关联分析，从而针对RG4的调控机制、生物学功能及致病性提出全新的研究假说。为支持该分析能力，我们提供了多款专用分析工具：可预测RBP与RG4的结合能力、分析基因集中RG4的富集情况，以及实现RG4的从头预测。基因组浏览器与表格视图功能支持用户快速浏览、筛选并下载单个基因或批量基因的相关数据。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

QUADRatlas是一个整合了实验与预测的人类转录组RNA G-四链体（RG4s）数据库，富含生物功能和疾病关联信息，并包含RNA结合蛋白（RBPs）的相互作用数据。它提供了分析工具，支持用户探索RG4s与潜在调控因子的关系，以研究RG4的调控、功能和致病性，同时允许通过基因组浏览器和表格视图快速浏览、过滤和下载数据。