RNA Sequencing of the NCI-60

RNA Sequencing of the NCI-60 is providing RNA sequencing (RNA-seq) data for the NCI-60 and their access and integration with the other databases. Correlation to transcript microarray expression levels for identical genes and identical cell lines across CellMinerCDB demonstrates the high quality of these new RNA-seq data. We provide composite and isoform transcript expression data and demonstrate diversity in isoform composition for individual cancer- and pharmacologically relevant genes, including HRAS, PTEN, EGFR, RAD51, ALKBH2, BRCA1, ERBB2, TP53, FGFR2, and CTNND1.

NCI-60细胞系RNA测序项目为该细胞系提供RNA测序（RNA-seq）数据，并支持此类数据与其他数据库的访问与整合。通过在CellMinerCDB数据库中对相同基因及相同细胞系的转录本微阵列表达水平开展相关性分析，证实了这批新型RNA-seq数据的高质量。本项目提供复合转录本与转录本亚型表达数据，并针对与癌症及药理学相关的特定基因（包括HRAS、PTEN、EGFR、RAD51、ALKBH2、BRCA1、ERBB2、TP53、FGFR2及CTNND1）展示了其转录本亚型组成的多样性。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集为NCI-60细胞系提供了RNA测序（RNA-seq）数据，并支持与其他数据库的访问和整合。数据质量通过与其他平台表达水平的相关性得到验证，同时提供了复合转录本和异构体表达信息，展示了多个癌症相关基因的异构体多样性。