Supporting data for "A single-cell transcriptomic atlas tracking the neural basis of division of labor in an ant superorganism".

Files provided in this dataset:1. M.Pharaonis.genome.fasta.gz : genome assembly of the pharaoh ant in fasta format.2. M.pharaonis.genome.gtf.gz : gene annotations of the pharaoh ant genome in gene transfer format (GTF).3. M.pharaonis.cds.fasta.gz : coding sequences of genes of the pharaoh ant in fasta format.4. M.pharaonis.pep.fasta.gz : peptide sequences of genes of the pharaoh ant in fasta format.5. M.pharaonis.gene.function.annotation.gz : functional annotations of all protein-coding genes of the pharaoh ant.6. Mpha.umi.geneMatrix.gz : the digital gene expression matrix (the number of UMIs per gene per nucleus) of the pharaoh ant.7. Mpha.rds: analysis results of the 206,367 pharaoh ant single-nucleus transcriptomes generated by Seurat.8. M.pharaonis.marker.genes.gz : marker genes for the 43 cell clusters identified in the pharaoh ant brains.9. NCBI_CNSA_correspond_list : correspondence across NCBI accession, CNSA accession, library, biological replicate, adult phenotype, read1 length, cell barcode1 position, cell barcode2 position, and UMI position for the raw sequencing data.10. Amel.rds : analysis results of the honeybee single-cell transcriptome data (PMID: 32080242) generated by Seurat.11. Dmelmb.rds : analysis results of the fly midbrain single-cell transcriptome data (PMID: 29671739) generated by Seurat.12. Dmelmb.glia.recluster.rds : analysis results of re-clustering the glial cells from Dmelmb.rds (PMID: 29671739) generated by Seurat.13. scripts_for_data_analyses.tar.gz : in-house scripts.14. Readme.txt : more detailed descriptions for each file.

本数据集包含以下文件：
1. M.Pharaonis.genome.fasta.gz：法老蚁的基因组组装序列文件，格式为FASTA压缩包。
2. M.pharaonis.genome.gtf.gz：法老蚁基因组的基因注释文件，格式为基因转移格式（GTF）压缩包。
3. M.pharaonis.cds.fasta.gz：法老蚁基因的编码序列文件，格式为FASTA压缩包。
4. M.pharaonis.pep.fasta.gz：法老蚁基因的肽序列文件，格式为FASTA压缩包。
5. M.pharaonis.gene.function.annotation.gz：法老蚁所有蛋白编码基因的功能注释压缩文件。
6. Mpha.umi.geneMatrix.gz：法老蚁的数字基因表达矩阵，即每个细胞核中每个基因的唯一分子标识符（Unique Molecular Identifier，UMI）计数文件（压缩包）。
7. Mpha.rds：由Seurat软件对206367个法老蚁单细胞核转录组进行分析得到的结果文件。
8. M.pharaonis.marker.genes.gz：针对法老蚁脑组织中鉴定出的43个细胞簇的标记基因压缩文件。
9. NCBI_CNSA_correspond_list：原始测序数据的对应关系列表，涵盖NCBI登录号、CNSA登录号、测序文库、生物学重复、成虫表型、读段1长度、细胞条形码1位置、细胞条形码2位置以及UMI位置的对应信息。
10. Amel.rds：由Seurat软件分析得到的蜜蜂单细胞转录组数据的分析结果文件（文献PMID: 32080242）。
11. Dmelmb.rds：由Seurat软件分析得到的果蝇中脑单细胞转录组数据的分析结果文件（文献PMID: 29671739）。
12. Dmelmb.glia.recluster.rds：由Seurat软件对Dmelmb.rds中的胶质细胞进行重新聚类得到的分析结果文件（文献PMID: 29671739）。
13. scripts_for_data_analyses.tar.gz：自研数据分析脚本压缩包。
14. Readme.txt：各文件的详细说明文档。