Virtual Genome Walking in Ambystoma mexicanum
收藏DataCite Commons2020-09-01 更新2024-07-25 收录
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https://figshare.com/articles/dataset/Virtual_Genome_Walking_in_Ambystoma_mexicanum/5242153
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资源简介：
VGW scaffold sequences, input cDNAs and related GFF files. Files included:<br>VGWmerged.fasta The merged VGW scaffoldsAnnotated_cDNA.fasta The input cDNA transcriptsvgw.gff The input cDNAs mapped to the scaffoldsalltranscripts.gff All of our transcripts mapped to the scaffolds500Ns.gff The 500N breaks between contigsVGWmerged.fasta_RM_out.gff RepeatMasker outputcoverage_repeats.gff positions where read coverage exceeds 50 consensi.fa.classified repeat library generated by RepeatScout
本数据集包含VGW支架序列、输入互补DNA（complementary DNA，cDNA）及相关通用特征格式（General Feature Format，GFF）文件。具体包含的文件如下：
1. VGWmerged.fasta：合并得到的VGW支架序列FASTA格式文件
2. Annotated_cDNA.fasta：已注释的输入cDNA转录本FASTA格式文件
3. vgw.gff：比对至VGW支架序列的输入cDNA通用特征格式文件
4. alltranscripts.gff：本研究所有转录本比对至VGW支架序列的通用特征格式文件
5. 500Ns.gff：标记重叠群间500个N碱基分隔位点的通用特征格式文件
6. VGWmerged.fasta_RM_out.gff：RepeatMasker重复序列注释工具输出的通用特征格式结果文件
7. coverage_repeats.gff：测序读长覆盖度超过50的位点通用特征格式文件
8. consensi.fa.classified：由RepeatScout构建的已分类重复序列文库FASTA格式文件
提供机构：
figshare
创建时间：
2017-09-04
