GeneticData

Directory contains genetic datasets postprocessing not raw data.<br>AF_98pops.txt: Contains Allele frequency per population starting at the second column with location information on the first columns. <br>eigenVect_out251500_run1Bay: This is the 1st eigenvector for the test phase of Bayenv obtained from step 251500 from run1 out of three runs. We ran multiple different runs and checked convergence across and mixing within. <br><br>Qscore_clean.txt: Qscore estimates from running NGSAdmix using K=2. Columns contain individual tree ID, popID, lat-long-ele.<br><br><pre>SNPdataset.txt: Contains the full SNP dataset used in this paper in 012 format, post SNP calling using dDocent and a series of custom filtering steps.</pre>MAF_parentals.txt: Allele frequency estimates per SNP for the parental groups.<br>98PopIDs: List of hybrid zone pops used in all analyses. <br>PopInd.txt: List of pops, individuals and groups they belong to.<br>LocF_98hybrids.txt: File containing per loci variance components from hierfstat. These can be used to calculate all the Fstats at various levels. Loci are indicated as rownames. col1: Group varcomp, col2: Pops varcomp, col3: Ind varcomp, col4: error term.

本目录存放经过后处理的遗传学数据集，而非原始数据。
AF_98pops.txt：包含各群体的等位基因频率数据，第一列为位置信息，第二列及后续列为对应群体的等位基因频率。
eigenVect_out251500_run1Bay：该文件为Bayenv软件测试阶段的第一特征向量，源自三次运行中第1次运行的第251500步。本研究开展了多组不同的运行，并检验了组间收敛性与组内混合性。

Qscore_clean.txt：为使用NGSAdmix软件以K=2运行后得到的Q值估计结果。各列依次为个体树ID、群体ID（popID）、经纬度-海拔信息。

<pre>SNPdataset.txt：包含本研究使用的完整单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）数据集，格式为012格式，经dDocent软件完成SNP识别及一系列自定义过滤流程后得到。</pre>
MAF_parentals.txt：包含亲本群体中各SNP的等位基因频率估计值。
98PopIDs：本研究所有分析中使用的杂交带群体列表。
PopInd.txt：包含群体、个体及其所属类群的列表。
LocF_98hybrids.txt：包含来自hierfstat软件的各位点方差组分信息，可用于计算不同层级的所有F统计量（F-statistic）。各位点以行名标注，各列依次为：第1列：群体组方差组分（Group varcomp），第2列：种群方差组分（Pops varcomp），第3列：个体方差组分（Ind varcomp），第4列：误差项。