Supplemental Material for Vendramin et al., 2020

p.p1 {margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 11.5px Helvetica; color: #141414} span.s1 {font: 12.0px Helvetica; color: #000000} Figure S1: Rab17 RT-qPCR Figure S2: MDS clusteringFigure S3: DNG RT-qPCRFigure S4: Promoter methylation in <i>Mop1</i> WT and <i>mop1-1 </i>mutant for DEGs and non-DEGsFigure S5: Heatmap (Log2 FC) of TF Network DEGs p.p1 {margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 11.5px Helvetica; color: #141414} p.p2 {margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 12.0px Helvetica} span.s1 {font: 12.0px Helvetica; color: #000000} span.s2 {color: #000000} Table S1: DEGs no. for DE analysis using different biological replicates no. Table S2: Maize protein phosphatases class A (PP2C-A) Table S3: Genes differentially expressed in <i>mop1-1 </i>mutant seedling &amp; SAM Table S4: Number of GO terms found for DEGs in four groups Table S5: Number of genes found in each model group and subgroup Table S6: High-confidence miRNAs File S1: Groups I-VII log2FC File S2: GO term enrichment per DEG group File S3: Homologous TFs File S4: Tiers and Downstream genes File S5: Group model parameters per gene File S6: Genome-wide siRNA changes in <i>mop1-1</i> mutant File S7: TGS2 target genes File S8: SeqCap DNA methylation ratios in all sequence contexts File S9: Promoter DNA methylation for<i> Mop1</i> wildtype ABA-responsive DEGs File S10: MOP1-ABA targets with a loss of siRNA and DNA methylation at ABRE sites<br>

补充图S1：Rab17实时定量聚合酶链反应（Reverse Transcription Quantitative Polymerase Chain Reaction, RT-qPCR）结果；
补充图S2：多维尺度聚类（Multidimensional Scaling clustering, MDS clustering）结果；
补充图S3：DNG实时定量聚合酶链反应结果；
补充图S4：*Mop1*野生型（WT）与*mop1-1*突变体中差异表达基因（Differentially Expressed Genes, DEGs）及非差异表达基因的启动子甲基化情况；
补充图S5：转录因子（Transcription Factor, TF）网络差异表达基因的热图（对数2倍变化，Log2 FC）；
补充表S1：采用不同生物学重复数进行差异表达分析得到的差异表达基因数量；
补充表S2：玉米A类蛋白磷酸酶（PP2C-A）；
补充表S3：*mop1-1*突变体幼苗与茎尖分生组织（SAM）中的差异表达基因；
补充表S4：四组差异表达基因所对应的基因本体（Gene Ontology, GO）术语数量；
补充表S5：各模型组及亚组所包含的基因数量；
补充表S6：高置信度微小RNA（microRNAs, miRNAs）；
补充文件S1：I-VII组的对数2倍变化（log2FC）数据；
补充文件S2：各差异表达基因组的基因本体术语富集分析结果；
补充文件S3：同源转录因子数据；
补充文件S4：层级及下游基因数据；
补充文件S5：每个基因对应的组模型参数；
补充文件S6：*mop1-1*突变体全基因组小干扰RNA（small interfering RNA, siRNA）表达变化情况；
补充文件S7：TGS2靶基因数据；
补充文件S8：所有序列背景下的SeqCap DNA甲基化比率；
补充文件S9：*Mop1*野生型中脱落酸（Abscisic Acid, ABA）应答差异表达基因的启动子DNA甲基化情况；
补充文件S10：在脱落酸应答元件（ABA Responsive Element, ABRE）位点存在小干扰RNA与DNA甲基化丢失的MOP1-脱落酸靶基因