Additional file 22: Table S20. of Exploring the rice dispensable genome using a metagenome-like assembly strategy

Association mapping results of metabolic traits using whole genome SNPs or depth polymorphisms of the dispensable genome. Lead_SNP is the SNP with the most significant association signal for a specific metabolic trait. Chromosome is the chromosome position of Lead_SNP. Position is the chromosome position of Lead_SNP. P value is the association P value for Lead_SNP. Close_DP is the associated depth polymorphism closest to Lead_SNP. Close_DP_P value is the association P value for close_DP. Close_DP_Position is the genomic position of Close_DP relative to the Nipponbare genome. Close_DP_Distance is the distance (kb) between the Lead_SNP and the Close_DP. Lead_CDP is the continuous depth polymorphism with the most significant association signal for a specific metabolic trait. Lead_CDP_P value is the association P value for Lead_CDP. Lead_CDP_Pfam is the Pfam prediction result for Lead_CDP. Lead_BDP is the Boolean depth polymorphism with the most significant association signal for a specific metabolic trait. Lead_BDP_P value is the association P value for Lead_BDP. Lead_BDP_Pfam is the Pfam prediction result for Lead_BDP. (XLS 496Â kb)

本数据集为基于全基因组单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）或附属基因组（dispensable genome）深度多态性的代谢性状关联分析结果。各字段说明如下：
1. 主导SNP（Lead_SNP）：指与特定代谢性状关联信号最显著的单核苷酸多态性；
2. 染色体（Chromosome）：表示主导SNP所在的染色体编号；
3. 位置（Position）：表示主导SNP在对应染色体上的具体基因组坐标；
4. P值（P value）：表示主导SNP的关联分析P值；
5. 邻近深度多态性（Close_DP）：指与主导SNP距离最近的关联深度多态性；
6. 邻近深度多态性P值（Close_DP_P value）：表示邻近深度多态性的关联分析P值；
7. 邻近深度多态性位置（Close_DP_Position）：表示邻近深度多态性相对于日本晴（Nipponbare）参考基因组的基因组坐标；
8. 间距（Close_DP_Distance）：表示主导SNP与邻近深度多态性之间的距离，单位为千碱基（kb）；
9. 连续型主导深度多态性（Lead_CDP）：指与特定代谢性状关联信号最显著的连续型深度多态性；
10. 连续型主导深度多态性P值（Lead_CDP_P value）：表示连续型主导深度多态性的关联分析P值；
11. 连续型主导深度多态性Pfam注释（Lead_CDP_Pfam）：表示针对连续型主导深度多态性的Pfam结构域预测结果；
12. 布尔型主导深度多态性（Lead_BDP）：指与特定代谢性状关联信号最显著的布尔型深度多态性；
13. 布尔型主导深度多态性P值（Lead_BDP_P value）：表示布尔型主导深度多态性的关联分析P值；
14. 布尔型主导深度多态性Pfam注释（Lead_BDP_Pfam）：表示针对布尔型主导深度多态性的Pfam结构域预测结果。
（数据集格式为XLS，文件大小约496 KB）