GraftM

GraftM, a tool that uses gene specific packages to rapidly identify gene families in metagenomic data using hidden Markov models (HMMs) or DIAMOND databases, and classifies these sequences using placement into pre-constructed gene trees.Analysis of the NCBI nr database using the methyl-coenzyme M reductase McrA gpkg allowed the detection of novel sequences belonging to phylum-level lineages. A growing collection of gpkgs is available online , where curated packages can be uploaded and exchanged.GraftM是一款依托基因专用包（gene specific package，gpkg），通过隐马尔可夫模型（hidden Markov models, HMMs）或DIAMOND数据库在宏基因组数据中快速识别基因家族，并通过将序列置入预先构建的基因树以完成分类的分析工具。借助靶向甲基辅酶M还原酶McrA的gpkg对NCBI nr数据库开展分析，可检测到隶属于门级进化枝的新型序列。目前线上已提供不断扩充的gpkg集合，支持上传与共享经过人工整理审核的专用包。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

GraftM是一个利用基因特定包和隐马尔可夫模型或DIAMOND数据库快速识别宏基因组数据中基因家族的工具，并通过放置到预构建基因树中进行分类。该数据集包含在线可用的基因包集合，支持用户上传和交换经整理的包。