Data for "The mycorrhizal root-shoot axis elicits Coffea arabica growth under low phosphate conditions"

This folder contains relevant datasets generated in the study:Chialva M., Patono D.L, de Souza L.P., Novero M., Vercellino S., Maghrebi M., Morgante M., Lovisolo C., Vigani G., Fernie A., Fiorilli V., Lanfranco L., Bonfante P. (2023) The mycorrhizal root-shoot axis elicits Coffea arabica growth under low phosphate conditions. The New Phytol., 239(1), 271-285. RNA-seq dataset and annotationsRNAseq_raw_counts.tsv > Raw mRNA-seq reads counts obtained by pseudo-aligning reads on the C. arabica reference transcriptome (NCBI reference genome accession GCF_003713225.1) using Salmon software in selective alignment mode and summarized using 'tximport' library in R.interproscan_proteins.local.tsv > the parsed InterProScan analysis output run on known Coffea arabica proteins (NCBI reference genome accession GCF_003713225.1).gene2ko.tsv > Protein IDs to Kegg Orthologs (KO) IDs obtained using KAAS server. Orthogroups inferenceOrthogroups predicted with Orthofinder (v.2.5.4) on Coffea arabica, C. canephora, C. eugenioides, S. lycopersicum, P. trichocarpa, M. truncatula, and Vitis vinifera proteomesHOGs_N0.tsv > Phylogenetic Hierachical Orthogroups (HOGs) predicted by Orthofinder on proteomes at N0 hierachical levelOrthogroups.tsv > Orthogroups predicted by Orthofinder (v.2.5.4) on proteomes (old-way)OGs.tsv > refined OGs used in this study (manually integrating some missing genes) MetabolomicsMetabolites_DB.xlsx > An exhaustive list of detected coffee metabolites in previous studies used to enhance annotation of LC-MS spectra generated in this study. Note: Sample names are coded by condition (M or MYC=mycorrhizal plants, C or NM=non-mycorrhized controls) and by organ type (s=leaves, r=roots)

本文件夹包含本研究生成的相关数据集：Chialva M.、Patono D.L.、de Souza L.P.、Novero M.、Vercellino S.、Maghrebi M.、Morgante M.、Lovisolo C.、Vigani G.、Fernie A.、Fiorilli V.、Lanfranco L.、Bonfante P.（2023）《菌根根-茎轴诱导低磷条件下阿拉伯咖啡生长》，发表于*The New Phytologist*（《新植物学家》），239(1)，271-285。

#### RNA-seq数据集及注释
RNAseq_raw_counts.tsv：通过将测序reads与阿拉伯咖啡参考转录组（NCBI参考基因组登录号GCF_003713225.1）进行伪比对后得到的原始mRNA-seq读长计数数据；比对过程采用Salmon软件的选择性比对模式，计数汇总通过R语言的tximport库完成。
interproscan_proteins.local.tsv：针对已知阿拉伯咖啡蛋白（NCBI参考基因组登录号GCF_003713225.1）运行InterProScan分析后得到的解析后输出文件。
gene2ko.tsv：通过KAAS服务器获取的蛋白ID与KEGG同源基因（Kegg Orthologs，KO）ID的对应关系文件。

#### 同源组推断相关数据集
通过Orthofinder（v.2.5.4）对阿拉伯咖啡、刚果咖啡（C. canephora）、尤金尼咖啡（C. eugenioides）、番茄（S. lycopersicum）、毛果杨（P. trichocarpa）、蒺藜苜蓿（M. truncatula）及葡萄（Vitis vinifera）的蛋白质组预测得到的同源组。
HOGs_N0.tsv：通过Orthofinder在N0层级对上述蛋白质组预测得到的系统发育层级同源组（Phylogenetic Hierarchical Orthogroups，HOGs）。
Orthogroups.tsv：利用Orthofinder（v.2.5.4）对蛋白质组以传统方式预测得到的同源组。
OGs.tsv：本研究中使用的精炼同源组，通过人工整合部分缺失基因得到。

#### 代谢组学数据集
Metabolites_DB.xlsx：用于辅助注释本研究生成的LC-MS（液相色谱-质谱联用）谱图的既往研究中检测到的咖啡代谢物详尽列表。注：样本名称通过处理条件（M或MYC=菌根植株，C或NM=非菌根对照）和器官类型（s=叶片，r=根系）进行编码。