Additional file 1 of Genetic control of temperament traits across species: association of autism spectrum disorder risk genes with cattle temperament

Additional file 1: Table S1. Sample size, number of imputed sequence variants, estimated heritabilities and $${{\lambda }}$$ λ gc for each cohort used in the meta-analysis. Table S2. Validation of variants identified in the flight time meta-analysis (115 variants) in five independent docility score GWAS. Table S3. Sign test for lead variants from the flight time meta-analysis using docility score GWAS summary statistics in five independent populations. Table S4. Bovine orthologous NEU genes (577 genes). Table S5. Bovine orthologous SCZ genes (263 genes). Table S6. Bovine orthologous ASD genes (63 genes). Table S7. Bovine orthologous DDD genes (101 genes). Table S8. Significant genes in the set-based association analysis for mapping the meta-analysis lead variants to genes. Table S9. Summary of the candidate genes identified in the meta-analysis of cattle flight time (10 protein-coding genes). Table S10. χ2 test of independence for bovine orthologous ASD genes and all UMD3.1 bovine protein-coding genes in brain tissues (cerebellum and caudal lobe combined).

补充材料1：
表S1：本研究荟萃分析所用各队列的样本量、插补序列变异体数量、估计遗传力以及λgc值。
表S2：针对飞行时间荟萃分析中鉴定出的115个变异体，在5个独立的温顺性评分全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）数据集中开展验证。
表S3：利用5个独立群体的温顺性评分全基因组关联分析汇总统计量，对飞行时间荟萃分析的先导变异体进行符号检验。
表S4：牛同源NEU基因（共计577个）。
表S5：牛同源精神分裂症（Schizophrenia, SCZ）易感基因（共计263个）。
表S6：牛同源孤独症谱系障碍（Autism Spectrum Disorder, ASD）易感基因（共计63个）。
表S7：牛同源DDD基因（共计101个）。
表S8：基于集合的关联分析中鉴定的显著基因，该分析用于将荟萃分析先导变异体定位至对应基因。
表S9：牛飞行时间荟萃分析所鉴定的候选基因汇总（共计10个蛋白编码基因）。
表S10：牛同源孤独症谱系障碍基因与UMD3.1版本牛全基因组蛋白编码基因在脑组织（小脑与尾叶合并样本）中的独立性卡方（χ²）检验。