Vegetation succession on disused railways: effects of time, habitat and landscape context – dataset

Data from master thesis Vegetation succession on disused railways: effects of time, habitat and landscape context Filip Kratoš Masaryk University, Brno 2021 (Thesis supervisor: Milan Chytrý) Phytosociological relevés of successional vegetation from closed railways in Czechia and its borderland in Austria and Germany List of files: Primary species data (Turboveg).zip database backup from Turboveg v. 2.136 (https://www.synbiosys.alterra.nl/turboveg/) do not unzip, load in Turboveg as .zip file Species data (Juice).wct species table from JUICE software v. 7.1.25 (https://www.sci.muni.cz/botany/juice/) .exp and str. files are automatically loaded with .wct the following changes have been applied: the nomenclature has been unified according to the Checklist of vascular plants of the Czech Republic (Danihelka et al. 2012) species in multiple layers have been merged Poa pratensis + Poa angustifolia → Poa pratensis agg. Crataegus laevigata agg. + C. monogyna → Crataegus sp. Galium mollugo + G. album → Galium mollugo agg. Achillea millefolium → Achillea millefolium agg. Rubus caesius + R. fruticosus + R. corylifolii + R. sp. → Rubus sp. higher taxa removed if lower taxon present Species data (percentage).csv comma separated table with percentage species cover data semicolon (;) used as a dividing character Species data (Braun-Blanquet).csv comma separated table with species cover data in the extended Braun-Blanquet scale semicolon (;) used as a dividing character Table.txt species table for R compatible with VEGAN package TableHead.xlsx used site and environmental data see the list below ___________________________________________________________________________________________ Variables: Relevé relevé number Year year of sampling Month month of sampling Day day of sampling Altitude (m) altitude above sea level (from map, https://www.mapy.cz) Cover tree layer (%) tree layer cover Cover shrub layer (%) shrub layer cover Cover herb layer (%) herb layer cover Cover moss layer (%) moss layer cover Height (high) tree layer (m) upper height of the tree layer Height low tree layer (m) middle height of the tree layer Height (high) shrub layer (m) upper height of the shrub layer Height low shrub layer (m) middle height of the shrub layer Height (high) herb layer (cm) upper height of the herb layer Height (low) herb layer (cm) middle height of the herb layer Locality Number locality number Locality locality – closest village/town Railway Track closed track Longitude east longitude coordinates (WGS84, DDMMSS.S) Latitude north latitude coordinates (WGS84, DDMMSS.S) GPS Bias GPS measurement uncertainty Terrain_m track height relative to the landscape from one side Terrain_m2 track height relative to the landscape from the other side Path path through the relevé, values in between 0 and 1 (0 = no path, 1 = a distinct path) Substrate (cm) substrate depth Locality number (deprecated) locality number recorded in the field Rel_in_loc number of relevé in the locality Year_cancl year of track cancellation Time time elapsed from track cancellation to sampling Terr_cat terrain category (násep = embarkment top, rovina = plain surface, svah = slope, zářez = cutting) Field presence of an arable field near the relevé Meadow presence of a meadow near the relevé Forest presence of a forest near the relevé Precipitation annual precipitation from CHELSA bio12 model (Karger et al. 2018) Temperature mean annual temperature from CHELSA bio1 model (Karger et al. 2018) Forest_distance distance to the nearest forest Number_of_Trees number of species in the tree layer Number_of_Shrubs number of species in the shrub layer Number_of_Herbs number of species in the herb layer excluding juveniles Number_of_Juveniles number of tree and shrub juvenile species in the herb layer Ellenberg_Light mean Ellenberg-type value for light (Chytrý et al. 2018) Ellenberg_Temperature mean Ellenberg-type value for temperature (Chytrý et al. 2018) Ellenberg_Moisture mean Ellenberg-type value for moisture (Chytrý et al. 2018) Ellenberg_Reaction mean Ellenberg-type value for soil reaction (Chytrý et al. 2018) Ellenberg_Nutrients mean Ellenberg-type value for nutrients (Chytrý et al. 2018) Number_of_species total number of species Chamaephytes number of chamaephyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) Geophytes number of geophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) Hemikryptophytes number of hemicryptophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) Phanerophytes number of phanerophyte species (sum of macrophanerophytes and nanophanerophytes) Therophytes number of therophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) Macrophanerophytes number of macrophanerophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) Nanophanerophytes number of nanophanerophyte species (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019 ) FYT_ID number of phytogeographical district (Skalický 1988) FYT_OKR phytogeographical district (Skalický 1988) FYT_OBV phytogeographical subregion (Skalický 1988) FYT_OBL phytogeographical region (Skalický 1988) Vegetation vegetation syntaxon code (association, alliances or classes; if not determined, NA is assigned; Chytrý 2007–2013) Veg_Alliance vegetation alliance code (Chytrý 2007–2013) Veg_Class vegetation class code (Chytrý 2007–2013) Veg_Formation code of vegetation formation (Chytrý 2007–2013) Forest_0 number of non-forest species (Dřevojan et al. 2016) Forest_1.1 number of forest species (Dřevojan et al. 2016) Forest_1.2 number of species of forest edges and glades (Dřevojan et al. 2016) Forest_2.1 number of species often present in forest (Dřevojan et al. 2016) Forest_2.2 number of species rarely present in forest (Dřevojan et al. 2016) Twinspan_Sorensen number of group created with TWINSPAN Chytrý M. (ed.) (2007–2013): Vegetace České republiky 1–4 [Vegetation of the Czech Republic 1–4]. – Academia, Praha. Chytrý M., Tichý L., Dřevojan P., Sádlo J., & Zelený D. (2018): Ellenberg-type indicator values for the Czech flora. – Preslia 90: 83–103. Danihelka J., Chrtek J., & Kaplan Z. (2012): Checklist of vascular plants of the Czech Republic. – Preslia 84: 647–811. Dřevojan P., Chytrý M., Sádlo J., & Pyšek P. (2016): Vazba na lesní prostředí. – www.pladias.cz. Kaplan Z., Danihelka J., Chrtek J., Kirschner J., Kubát K., Štech M., Štěpánke J., Batoušek P., Bureš P., Businský R., Čáp J., Dančák M., Ducháček M., Duchoslav M., Dvořák V., Ekrt L., Filipov P., Grulic V., Hrčka D., Hroneš M., Hrouda L., Hroudová Z., Jehlík V., Kaplan Z., Nunvářová K., Király G., Kirschnerová L., Kobrlová L., Kočí K., Koutecký P., Krahulec F., Kúr P., Lepší M., Lepší P., Mandák B., Ponert J., Prančl J., Pyšek P., Řepka R., Sádlo J., Suda J., Šída O., Šmarda P., Špryňar P., Štěpánková J., Trávníček B., Trávníček P., Uher J., Vašut R. J., Větvička V., Zázvorka J., & Zelený V. (2019): Klíč ke květeně České Republiky (Z. Kaplan, Ed.). – Academia, Praha. Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2017): Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. – Scientific Data 4: 170122. Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2018): Data from: Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. Available at: https://doi.org/10.5061/dryad.kd1d4. Raunkiær C. (1934): The life forms of plants and statistical plant geography. – The Clarendon Press, Oxford. Skalický V. (1988): Regionálně fytogeografické členění [Regional phytogeographic division]. In Hejný S., Slavík B., Chrtek J., Tomšovič P., & Kovanda M. (eds.), Květena České socialistické republiky [Flora of the Czech Socialist Republic] 1, pp. 103–121. – Academia, Praha. --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Data k diplomové práci Sukcese vegetace na zrušených železničních tratích: vliv času, stanoviště a krajinného kontextu Filip Kratoš Masarykova univerzita, Brno 2021 (vedoucí práce: Milan Chytrý) Fytocenologicé snímky sukcesní vegetace ze zrušených železnic v České republice a v příhraničí v Rakousku a Německu Seznam souborů: Primary species data (Turboveg).zip zálohovaná databáze softwaru Turboveg 2.136 (https://www.synbiosys.alterra.nl/turboveg/) nerozbalovat, nahrává se dohromady jako .zip Species data (Juice).wct druhová tabulka programu JUICE 7.1.25 (https://www.sci.muni.cz/botany/juice/) se souborem .wct se automaticky nahrávají i soubory .exp a .str s daty byly provedeny tyto úpravy: sjednocení nomenklatury podle Checklist of vascular plants of the Czech Republic (Danihelka 2012) slučeny druhy ve více patrech Poa pratensis + Poa angustifolia → Poa pratensis agg. Crataegus laevigata agg. + C. monogyna → Crataegus sp. Galium mollugo + G. album → Galium mollugo agg. Achillea millefolium → Achillea millefolium agg. Rubus caesius + R. fruticosus + R. corylifolii + R. sp. → Rubus sp. Odstraněny vyšší taxony, pokud je přítomen i nižší Species data (percentage).csv tabulka druhů ve formátu odděleném středníky (;) obsahuje procentuální pokryvnosti Species data (Braun-Blanquet).csv tabulka druhů ve formátu odděleném středníky (;) obsahuje pokryvnosti v rozšířené 9 členné Braun-Blanquetově stupnici Table.txt druhová tabulka pro použití v R kompatibilní s balíčkem VEGAN TableHead.xlsx použité údaje o lokalitě a prostředí seznam proměnných níže ___________________________________________________________________________________________ Proměnné: Relevé číslo snímku Year rok snímkování Month měsíc snímkování Day den snímkování Altitude (m) nadmořská výška (odečtená z mapy, https://www.mapy.cz) Cover tree layer (%) pokryvnosti stromového patra Cover shrub layer (%) pokryvnost keřového patra Cover herb layer (%) pokryvnost bylinného patra Cover moss layer (%) pokryvnost mechového patra Height (high) tree layer (m) horní výška stromového patra Height low tree layer (m) střední výška stromového patra Height (high) shrub layer (m) horní výška keřového patra Height low shrub layer (m) střední výška keřového patra Height (high) herb layer (cm) horní výška bylinného patra Height (low) herb layer (cm) střední výška bylinného patra Locality Number číslo lokality Locality lokalita – název nejbližší obce Railway Track zrušená trať Longitude zeměpisná východní délka (WGS84, SSMMVV.V) Latitude zěměpísná severní šířka (WGS84, SSMMVV.V) GPS Bias přesnost GPS měření Terrain_m výška trati vůči okolí z jedné strany Terrain_m2 výška trati vůči okolí z druhé strany Path cestička vedoucí přes snímek v rozmezí hodnot 0 a 1 (0 = bez cestičky, 1 = výrazná cestička) Substrait (cm) hloubka substrátu nad vrstvou kamenů Locality number (deprecated) číslo lokality podle data navštívení Rel_in_loc číslo snímku na lokalitě Year_cancl rok zrušení trati Time doba od zrušení trati po zapsání snímku Terr_cat kategorie terénu (násep, rovina, svah, zářez) Field Přítomnost pole v okolí snímku Meadow Přítomnost louky v okolí snímku Forest Přítomnost lesa v okolí snímku Precipitation roční úhrn srážek z modelu CHELSA bio12 (Karger et al. 2018) Temperature průměrná roční teplota z modelu CHELSA bio1 (Karger et al. 2018) Forest_distance vzdálenost nejbližšího lesa Number_of_Trees počet druhů stromového patra Number_of_Shrubs počet druhů keřového patra Number_of_Herbs počet druhů bylinného patra bez semenáčů Number_of_Juveniles počet druhů semenáčů v bylinném patře Ellenberg_Light průměrná ellenbergovská hodnota pro světlo (Chytrý et al. 2018) Ellenberg_Temperature průměrná ellenbergovská hodnota pro teplot (Chytrý et al. 2018) Ellenberg_Moisture průměrná ellenbergovská hodnota pro vlhkost (Chytrý et al. 2018) Ellenberg_Reaction průměrná ellenbergovská hodnota pro půdní reakci (Chytrý et al. 2018) Ellenberg_Nutrients průměrná ellenbergovská hodnota pro živiny (Chytrý et al. 2018) Number_of_species celkový počet druhů Chamaephytes počet druhů chamaefytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) Geophytes počet druhů geofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) Hemikryptophytes počet druhů hemikryptofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) Phanerophytes počet druhů fanerofytů (součet makrofanerofytů a nanofanerofytů) Therophytes počet druhů terofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) Macrophanerophytes počet druhů makrofanerofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) Nanophanerophytes počet druhů nanofanerofytů (Raunkiær 1934, Kaplan et al. 2019) FYT_ID číslo fytogeografického okresu (Skalický 1988) FYT_OKR fytogeografický okres (Skalický 1988) FYT_OBV fytogeografický obvod (Skalický 1988) FYT_OBL fytogeografická oblast (Skalický 1988) Vegetation kód vegetační jednotky (asociace, svazu nebo třídy, u neurčených snímků uvedeno NA; Chytrý 2007–2013) Veg_Alliance kód vegetačního svazu (Chytrý 2007–2013) Veg_Class kód vegetační třídy (Chytrý 2007–2013) Veg_Formation kód vegetační formace (Chytrý 2007–2013) Forest_0 počet druhů výzaných na výskyt výhradně mimo les (Dřevojan et al. 2016) Forest_1.1 počet druhů vázaných na lesní prostředí (Dřevojan et al. 2016) Forest_1.2 počet druhů lesních lemů a pasek (Dřevojan et al. 2016) Forest_2.1 počet druhů s výskytem převážně v lesích (Dřevojan et al. 2016) Forest_2.2 počet druhů s výskytem převážně mimo les (Dřevojan et al. 2016) Twinspan_Sorensen číslo skupiny snímků vytvořené pomocí TWINSPANu Chytrý M. (ed.) (2007–2013): Vegetace České republiky 1–4 [Vegetation of the Czech Republic 1–4]. – Academia, Praha. Chytrý M., Tichý L., Dřevojan P., Sádlo J., & Zelený D. (2018): Ellenberg-type indicator values for the Czech flora. – Preslia 90: 83–103. Danihelka J., Chrtek J., & Kaplan Z. (2012): Checklist of vascular plants of the Czech Republic. – Preslia 84: 647–811. Dřevojan P., Chytrý M., Sádlo J., & Pyšek P. (2016): Vazba na lesní prostředí. – www.pladias.cz. Kaplan Z., Danihelka J., Chrtek J., Kirschner J., Kubát K., Štech M., Štěpánke J., Batoušek P., Bureš P., Businský R., Čáp J., Dančák M., Ducháček M., Duchoslav M., Dvořák V., Ekrt L., Filipov P., Grulic V., Hrčka D., Hroneš M., Hrouda L., Hroudová Z., Jehlík V., Kaplan Z., Nunvářová K., Király G., Kirschnerová L., Kobrlová L., Kočí K., Koutecký P., Krahulec F., Kúr P., Lepší M., Lepší P., Mandák B., Ponert J., Prančl J., Pyšek P., Řepka R., Sádlo J., Suda J., Šída O., Šmarda P., Špryňar P., Štěpánková J., Trávníček B., Trávníček P., Uher J., Vašut R. J., Větvička V., Zázvorka J., & Zelený V. (2019): Klíč ke květeně České Republiky (Z. Kaplan, Ed.). – Academia, Praha. Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2017): Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. – Scientific Data 4: 170122. Karger D. N., Conrad O., Böhner J., Kawohl T., Kreft H., Soria-Auza R. W., Zimmermann N. E., Linder H. P., & Kessler M. (2018): Data from: Climatologies at high resolution for the earth’s land surface areas. Available at: https://doi.org/10.5061/dryad.kd1d4. Raunkiær C. (1934): The life forms of plants and statistical plant geography. – The Clarendon Press, Oxford. Skalický V. (1988): Regionálně fytogeografické členění [Regional phytogeographic division]. In Hejný S., Slavík B., Chrtek J., Tomšovič P., & Kovanda M. (eds.), Květena České socialistické republiky [Flora of the Czech Socialist Republic] 1, pp. 103–121. – Academia, Praha.