Additional file 2: of CellSIUS provides sensitive and specific detection of rare cell populations from complex single-cell RNA-seq data

Table S4. DE analysis between subclusters and main clusters in the neuroscience dataset. The file contains one sheet per comparison. All sheets are listed below: G.sub_1_vs_all_G: compares the G.sub_1 population to all other cells in the G cluster. G.sub_2_vs_all_G: compares the G.sub_2 population to all other cells in the G cluster. G.sub_3_vs_all_G: compares the G.sub_3 population to all other cells in the G cluster. CR.sub_vs_all_CR: compares the CR.sub population to all other cells in the CR cluster. NP.sub_vs_all_NP: compares the NP.sub population to all other cells in the NP cluster. N.sub_1_vs_all_N: compares the N.sub_1 population to all other cells in the N cluster. N.sub_2_vs_all_N: compares the N.sub_2 population to all other cells in the N cluster. Each sheet contains the following columns: Gene_id: Ensembl gene ID. Mean_exprs: Mean expression [log2(normalized counts + 1)] across the whole dataset. Mean_in_subgroup: Mean expression in the respective subgroup. Pval, adj_pval: p value (Wilcoxon test), adj_pval is adjusted p value (Benjamini-Hochberg). Log2fc: Fold change, calculated as the difference in mean[log2(normalized counts + 1)]. DE_flag: is TRUE if abs(log2fc) > 0.5 and adj_pval

表S4. 神经科学数据集中子簇与主簇间的差异表达（Differential Expression, DE）分析。该文件每组比较对应一个工作表，所有工作表列表如下：
G.sub_1_vs_all_G：将G.sub_1细胞群与G簇内其余所有细胞进行比较。
G.sub_2_vs_all_G：将G.sub_2细胞群与G簇内其余所有细胞进行比较。
G.sub_3_vs_all_G：将G.sub_3细胞群与G簇内其余所有细胞进行比较。
CR.sub_vs_all_CR：将CR.sub细胞群与CR簇内其余所有细胞进行比较。
NP.sub_vs_all_NP：将NP.sub细胞群与NP簇内其余所有细胞进行比较。
N.sub_1_vs_all_N：将N.sub_1细胞群与N簇内其余所有细胞进行比较。
N.sub_2_vs_all_N：将N.sub_2细胞群与N簇内其余所有细胞进行比较。
每个工作表包含以下列：
基因ID（Gene_id）：Ensembl基因ID（Ensembl gene ID）。
平均表达量（Mean_exprs）：全数据集范围内的平均表达水平[log₂(标准化计数 + 1)]。
亚组平均表达量（Mean_in_subgroup）：对应亚组内的平均表达水平。
P值（Pval）与校正P值（adj_pval）：P值基于Wilcoxon检验计算，校正P值（adj_pval）为经Benjamini-Hochberg方法校正后的P值。
log₂倍变化值（Log2fc）：倍变化值，通过两组平均[log₂(标准化计数 + 1)]的差值计算得到。
差异表达标记（DE_flag）：当|log₂倍变化值| > 0.5且校正P值（adj_pval）时，取值为真（TRUE）。