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Predicted prophage like regions in bacterial genomes

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DataCite Commons2025-11-05 更新2024-07-13 收录
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https://open.flinders.edu.au/articles/dataset/Predicted_prophage_like_regions_in_bacterial_genomes/22299673/1
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This file contains all the predictions about prophages, whether or not they were finally used. <br> This file is 447M and contains the following information in a tab separated text file: 0. GENOMEID - Genbank genome assembly accession 1. Contig - Contig ID in the genome assembly 2. Start - prophage start position 3. Stop - prophage end position 4. Length - length of the prophage ((end-start)+1) 5. #CDS - number of coding sequences in the prophage 6. Decision - Whether the prophage is predicted or kept. See below. <br> The decision field has three options: Too short (&lt;5 genes), no genes with homology to any known phage gene, or Kept. The latter means that phispy believes that it is a prophage region. <br>

本文件包含所有针对前噬菌体(prophage)的预测结果,无论其最终是否被采用。 本文件大小为447M,为制表符分隔的文本文件,包含以下信息: 0. GENOMEID:基因库(GenBank)基因组组装登录号 1. Contig:基因组组装中的重叠群(Contig)ID 2. Start:前噬菌体起始位置 3. Stop:前噬菌体终止位置 4. Length:前噬菌体长度(计算公式为(end-start)+1) 5. #CDS:前噬菌体中的编码序列(CDS)数量 6. Decision:该前噬菌体是否被预测或保留,详见下文。 Decision字段包含三种取值:过短(基因数<5)、无任何与已知噬菌体基因同源的基因,以及Kept(保留)。其中Kept表示PhiSpy认为该区域为前噬菌体区域。
提供机构:
Flinders University
创建时间:
2023-03-19
5,000+
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54 个
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