Resources for "A longitudinal survey in the wild reveals major shifts in fish host microbiota after parasite infection"

Here are provided necessary datasets and codes to replicate the analyses done in the study entitled “A longitudinal survey in the wild reveals major shifts in fish host microbiota after parasite infection” Mathieu-Bégné Eglantine¹*, Blanchet Simon^2,3, Rey Olivier⁴, Toulza Eve⁴, Veyssière Charlotte², Manzi Sophie², Lefort Maxim³, Scelsi Orlane³ and Loot Géraldine^2,5 1 Department of Environmental Sciences, Zoology, University of Basel, Vesalgasse 1, 4051, Basel, Switzerland 2 Université Paul Sabatier, Centre National pour la Recherche Scientifique, Ecole Nationale de Formation Agronomique; Laboratoire Evolution et Diversité Biologique (UMR5174), 118 route de Narbonne, F-31062 Toulouse, France 3 Université Paul Sabatier, Centre National pour la Recherche Scientifique; Station d’Ecologie Théorique et Expérimentale (UAR2029), 2 route du CNRS, F-09200 Moulis, France 4 Laboratoire Interactions-Hôtes-Pathogènes-Environnements (UMR5244), Univ. Montpellier, CNRS, Ifremer, Univ. Perpignan Via Domitia, 58 Avenue Paul Alduy, F-66860, Perpignan, France 5 Institut Universitaire de France, Paris, France

本研究提供了必要的数据集与配套代码，可用于复现题为《野外纵向调查揭示寄生虫感染后鱼类宿主微生物群重大变化》的研究中的各项分析。作者列表如下：马蒂厄-贝涅 艾格兰婷¹*，布朗谢 西蒙^2,3，雷 奥利维耶⁴，图尔扎 伊夫⁴，韦西耶尔 夏洛特²，曼齐 索菲²，勒福尔 马克西姆³，斯切尔西 奥兰³，卢特 热拉尔丁^2,5。各作者所属机构及地址分别为：¹ 瑞士巴塞尔大学动物学与环境科学系，Vesalgasse 1号，4051 巴塞尔；² 法国保罗·萨巴捷大学、法国国家科学研究中心、国家农业教育学院；进化与生物多样性生物学实验室（UMR5174），纳尔邦大道118号，F-31062 图卢兹；³ 法国保罗·萨巴捷大学、法国国家科学研究中心；理论与实验生态站（UAR2029），CNRS路2号，F-09200 穆利斯；⁴ 法国蒙彼利埃大学、法国国家科学研究中心、法国海洋开发研究院（Ifremer）、佩皮尼昂维亚多米提亚大学；宿主-病原体-环境相互作用实验室（UMR5244），保罗·阿尔杜伊大道58号，F-66860 佩皮尼昂；⁵ 法国大学研究院，巴黎