PreDigs

PreDigs is a user-friendly database of predicted cell-type signatures for the human digestive system. It hosts 124 curated single-cell RNA-seq datasets, covering over 3.4 million cells, all freely downloadable. PreDigs standardizes cell type annotation across datasets, organizing 142 cell types into an 8-level hierarchical ontology. It provides three types of context-specific markers—Cell Markers, Subtype Markers, and TPN Markers—to support diverse research needs.

PreDigs是一款易用的人类消化系统预测细胞类型特征数据库。该数据库收录了124套经人工整理的单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）数据集，涵盖超340万个细胞，所有数据均可免费下载。PreDigs对各数据集的细胞类型注释进行了标准化处理，将142种细胞类型归类至8级层级本体结构中。该数据库提供三类情境特异性标记物：细胞标记物（Cell Markers）、亚型标记物（Subtype Markers）以及TPN标记物（TPN Markers），可满足多样化的科研需求。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

PreDigs是一个针对人类消化系统的预测细胞类型特征数据库，整合了124个单细胞RNA-seq数据集，涵盖超过300万个细胞。它提供了一个包含142种细胞类型的层级分类体系，并包含Cell Markers、Subtype Markers和TPN Markers三种特定标记物以支持研究需求。