Data for Cardoni et al. (2021): High-Throughput Sequencing of 5S-IGS rDNA in Fagus L.

Data dump of and supplement to <b>Cardoni et al. (2021)</b> High-Throughput Sequencing of 5S-IGS rDNA in Fagus L. (Fagaceae) reveals complex evolutionary patterns and hybrid origin of modern species. <i>bioRxiv</i>. https://doi.org/10.1101/2021.02.26.433057<br> <br>This fileset reports intra-/inter-genomic variation of the nuclear-encoded ribosomal 5S region in <i>Fagus</i> (beech). We used a multi-copy, potentially multi-locus marker, the non-transcribed intergenic spacer (IGS) of the 5S nuclear ribosomal DNA, and high-throughput target sequencing to address taxonomy, diversity, and evolution of the <i>F. crenata – F. sylvatica</i> s.str. lineage, and including <i>F. japonica</i> as outgroup. The collected data detail the distribution of divergent main 5S sequence types in the studied species pointing to deep polymorphism (allopolyploid origins), incomplete lineage sorting and repeated phases of reticulation. <br><br>The fileset includes:<br><b>Graphical abstract</b>: <br><i>5S_IGS...png</i>—Doodle summarising results of the study and distribution of sampled 5S-IGS variants.<i>GC_length...png</i>—Violin and scatterplots of the GC content and length of 5S-IGS amplicons, sorted by samples and sequence major types.<br><b>Data dump</b><i><br></i><i>ODA.zip</i>—Zipped online data archive prodiving used phylogenetic data and analysis files. See archive’s ReadMe.txt for content and archive structure.<br><b>Supplementary information</b><br>Also included are Cardoni et al. (2021) supplementary files S1–S4, which provide extended materials, results and discussion (<b>File S1; PDF</b>); basic information about samples, obtained HTS reads, an annotated lists for the 4,693 variants with an abundance of ≥ 4 summarised also as Pivot tables (<b>File S2, spread-sheet XLSX</b>; optimised for and using Excel autoformatting); graphical representation of the EPA analysis of 4007 5S-IGS variants with a total abundance &lt; 25 (<b>File S3, PDF</b>); and a fully annotated alignment of select-sequence subset in tabulated, graphically enhanced form (<b>File S4, spread-sheet XLSX</b>, includes colouration).<br>

本数据存档为Cardoni等人（2021）发表于*bioRxiv*的论文《山毛榉属（Fagus L.，壳斗科Fagaceae）5S-IGS核糖体DNA高通量测序揭示现代物种的复杂演化模式与杂交起源》（DOI: 10.1101/2021.02.26.433057）的配套补充材料与原始数据存档。

本数据集记录了山毛榉属（*Fagus*，山毛榉）核编码核糖体5S区域的基因组内与基因组间变异情况。研究采用多拷贝、潜在多位点的分子标记——核核糖体5S DNA的非转录间隔区（non-transcribed intergenic spacer, IGS），结合高通量测序（High-Throughput Sequencing, HTS）靶向测序技术，旨在解析*F. crenata – F. sylvatica s.str.*支系的分类学特征、物种多样性与演化历程，并以*F. japonica*作为外类群（outgroup）。本次采集的数据详细阐明了研究物种内趋异主要5S序列类型的分布特征，揭示了深度多态性（异源多倍体（allopolyploid）起源）、不完全谱系分选（incomplete lineage sorting）以及多轮网状演化（reticulation）事件。

本文件集包含以下内容：
1. **图形摘要**：
* *5S_IGS...png*：用于概括本研究结果与采样获得的5S-IGS变异体分布的示意图。
* *GC_length...png*：按样本与序列主要类型分类的5S-IGS扩增子GC含量与长度的小提琴图与散点图。
2. **数据存档**：
* *ODA.zip*：压缩的在线数据归档，包含所用的系统发育（phylogenetic）数据与分析文件。归档的内容与结构请详见其中的ReadMe.txt文档。
3. **补充信息**：
本文件集同时包含Cardoni等人（2021）的补充文件S1至S4，提供拓展研究材料、结果与讨论内容：
* 文件S1（PDF格式）：拓展研究资料、研究结果与讨论；
* 文件S2（XLSX格式电子表格）：样本基本信息、获取的高通量测序读段，以及4693个丰度≥4的变异体的注释列表，同时以数据透视表形式汇总（优化适配Excel自动格式功能）；
* 文件S3（PDF格式）：针对总丰度<25的4007个5S-IGS变异体的进化放置分析（Evolutionary Placement Analysis, EPA）可视化结果；
* 文件S4（XLSX格式电子表格）：经过完全注释的选定序列子集比对结果，以表格化、图形增强形式呈现（包含色彩标注）。