Supplementary data for manuscript: The developmental gene <em>disco</em> regulates diel-niche evolution in adult moths

<strong>Supporting Information for</strong> The developmental gene disco regulates diel-niche evolution in adult moths <strong>Authors</strong>: Yash Sondhi, Rebeccah L. Messcher, Anthony J. Bellantuano, Caroline G. Storer, Scott D. Cinel, R. Keating Godfrey, Deborah Glass, Ryan A. St Laurent, Chris A. Hamilton, Chandra Earl, Colin J. Brislawn, Ian J. Kitching, Seth M. Bybee, Jamie C. Theobald, Akito Y. Kawahara <br> Supp_dataset_1: EdgeR: EdgeR sample metadata, analysis parameters (config files for RasFlow), differentially expressed gene sets, annotated DEG sets with <em>Bombyx mori </em>annotations for <em>Anisota pellucida </em>(Ap) and <em>Dryocampa rubicunda </em>(Dr)<em>.</em> Overlapping genes between <em>Anisota </em>and<em> Dryocampa. </em>Analysis performed with de-novo assembly versions 5 for both species. Supp_dataset_2: DESeq2: DESeq2 sample metadata, analysis parameters (R script), differentially expressed gene sets, and annotated DEG sets with <em>Bombyx mori </em>annotations for <em>Anisota pellucida </em>(Ap) and <em>Dryocampa rubicunda </em>(Dr)<em>.</em> Unique and overlapping genes between <em>Anisota </em>and<em> Dryocampa. </em>Analysis performed with de-novo assembly versions 5 for both species. Supp_dataset_3: Supporting_Table_Common_RNAseq: Overlapping genes for both analyses with a pivot table summary of the different unique <em>Bombyx </em>genes and the number of transcripts mapped to each. Supp_dataset_4: Gene_modules_WGCNA: WGCNA identified modules for <em>Anisota </em>and <em>Dryocampa </em>individual count data and combined modules along with annotations of the (grey60, tan, turquoise and blue) modules. Supp_dataset_5: GO_analyses: TopGO, ShinyGo and Revigo analyses Supp_dataset_6:Analyses_combined:All analyses results combined and annotated, with FC&lt;0 and FC&lt;2 for DEGs. Note to combine analyses fold change signs were switched for EdgeR changed. Supp_dataset_7: Overlap_common_genes_annotated_with_sequence: Overlapping transcripts annotated with sequences for both species and <em>Bombyx mori. </em>Note to combine analyses fold change signs were switched for EdgeR changed. Supp_dataset_8_EggNOG_annotations: EggNog annotations of the various sequences in dataset 7 and the GO terms used to query this dataset Supp_datatset_9: GO_lookup_genes: Genes recovered from the GO cross referencing with EggNOG annotations Supp_dataset_10: Genes of interest for which conservation and protein models were constructed Supp_dataset_11: Assembly_codes: 11a:List of moths and assembly codes used 11b: List of insects and assembly codes used for Orthofinder searches Supp_dataset_12_Alphafold_Bmor_models: Alphafold predicted models for <em>Bombyx </em>genes of interest Supp_dataset_13_Conservation analyses: Consurf predicted models and conservation analyses for insects and moths Supp_dataset_14_PyMOL: PyMOL files showcasing the overlapping protein structures<strong>配套补充材料</strong> 论文题目：发育基因disco调控成虫昼夜生态位演化（The developmental gene disco regulates diel-niche evolution in adult moths） <strong>作者</strong>：Yash Sondhi、Rebeccah L. Messcher、Anthony J. Bellantuano、Caroline G. Storer、Scott D. Cinel、R. Keating Godfrey、Deborah Glass、Ryan A. St Laurent、Chris A. Hamilton、Chandra Earl、Colin J. Brislawn、Ian J. Kitching、Seth M. Bybee、Jamie C. Theobald、Akito Y. Kawahara <br> 补充数据集1（Supp_dataset_1）：EdgeR分析数据集，包含EdgeR样本元数据、分析参数（RasFlow配置文件）、差异表达基因集，以及为Anisota pellucida（简称Ap）和Dryocampa rubicunda（简称Dr）注释家蚕（Bombyx mori）信息的差异表达基因集；同时包含两种物种的重叠基因。本分析基于两个物种的第5版从头组装版本完成。 补充数据集2（Supp_dataset_2）：DESeq2分析数据集，包含DESeq2样本元数据、分析参数（R脚本）、差异表达基因集，以及为Anisota pellucida（简称Ap）和Dryocampa rubicunda（简称Dr）注释家蚕（Bombyx mori）信息的差异表达基因集；同时包含两种物种的特有及重叠基因。本分析基于两个物种的第5版从头组装版本完成。 补充数据集3（Supp_dataset_3）：通用RNAseq辅助表（Supporting_Table_Common_RNAseq），包含两种分析方法得到的重叠基因，附带不同特有家蚕基因的透视表汇总，以及映射至各基因的转录本数量。 补充数据集4（Supp_dataset_4）：基因共表达模块数据集（Gene_modules_WGCNA），包含基于Anisota pellucida与Dryocampa rubicunda个体计数数据鉴定的WGCNA共表达模块，以及合并模块信息，同时附带grey60、tan、turquoise及blue四个模块的注释信息。 补充数据集5（Supp_dataset_5）：GO富集分析数据集（GO_analyses），包含TopGO、ShinyGo及Revigo分析结果。 补充数据集6（Analyses_combined）：整合分析数据集，将所有分析结果整合并注释，筛选了折叠变化（FC）<0与FC<2的差异表达基因。注：为完成整合分析，对EdgeR分析的折叠变化符号进行了转换。 补充数据集7（Overlap_common_genes_annotated_with_sequence）：带序列注释的重叠基因数据集，包含两个物种及家蚕（Bombyx mori）的带序列注释的重叠转录本。注：为完成整合分析，对EdgeR分析的折叠变化符号进行了转换。 补充数据集8（Supp_dataset_8_EggNOG_annotations）：EggNOG注释数据集，包含数据集7中各类序列的EggNog注释信息，以及用于查询该数据集的GO术语。 补充数据集9（Supp_datatset_9）：GO检索基因集，通过EggNOG注释进行GO交叉检索得到的基因集。 补充数据集10（Supp_dataset_10）：目标基因数据集，包含用于构建保守性及蛋白质模型的目标基因。 补充数据集11（Supp_dataset_11）：组装代码数据集：11a：所用蛾类物种及组装代码列表；11b：用于Orthofinder检索的昆虫物种及组装代码列表。 补充数据集12（Supp_dataset_12_Alphafold_Bmor_models）：Alphafold预测模型数据集，包含家蚕（Bombyx mori）目标基因的Alphafold预测结构模型。 补充数据集13（Supp_dataset_13_Conservation analyses）：保守性分析数据集，包含昆虫及蛾类的Consurf预测模型及保守性分析结果。 补充数据集14（Supp_dataset_14_PyMOL）：PyMOL可视化文件集，包含展示重叠蛋白质结构的PyMOL文件。