Additional file 2 of Genome sequencing, annotation and exploration of the SO2-tolerant non-conventional yeast Saccharomycodes ludwigii

Additional file 2 Supplementary tables This file has included a set of 10 supplementary tables providing: the list of S. ludwigii genes uncovered in this study but in the prior assembly (Table S1), the distribution of S. ludwigii genes across the 20 assembled contigs (Table S2), the functional clustering performed on the annotated S. ludwigii genes (Table S3), the list of S. ludwigii UTAD17 genes homologues for the 551 identified S. cerevisiae ohnologues (Table S4), the list of S. ludwigii UTAD17 genes for which we could not find orthologues in the genomes of H. uvarum, H. guilliermondii, S. cerevisiae, T. delbrueckii or L. fermentati (Table S5), functional annotation of genes involved in main carbon and nitrogen metabolic pathways in S. ludwigii UTAD17 and corresponding orthologues in H. uvarum, H. guilliermondii, T. delbrueckii or L. fermentati (Table S6); the list of genes predicted to encode enzymes influencing wine aroma (Table S7); the list of genes predicted to encode β-mannosyltransferases in the genome of S. ludwigii UTAD17 (Table S8); list of S. ludwigii UTAD17 genes orthologous to those found to mediate tolerance to ethanol, high glucose or to vinification conditions in S. cerevisiae (Table S9); list of S. ludwigii UTAD17 genes orthologus to those found to mediate tolerance to SO2 in S. cerevisiae (Table S10).

附加文件2：补充表格
本文件包含10张补充表格，具体内容如下：
1. 表S1：本研究中鉴定得到、但在既往基因组组装版本中未被收录的路德维希酵母（S. ludwigii）基因列表；
2. 表S2：路德维希酵母（S. ludwigii）基因在20条组装重叠群（contig）上的分布情况；
3. 表S3：对注释后的路德维希酵母（S. ludwigii）基因开展的功能聚类分析结果；
4. 表S4：针对551个已鉴定的酿酒酵母（S. cerevisiae）全基因组复制同源基因（ohnolog）的路德维希酵母UTAD17同源基因列表；
5. 表S5：无法在葡萄汁有孢汉逊酵母（H. uvarum）、季也蒙毕赤酵母（H. guilliermondii）、酿酒酵母（S. cerevisiae）、德巴利有孢酵母（T. delbrueckii）以及发酵假丝酵母（L. fermentati）的基因组中找到直系同源基因的路德维希酵母UTAD17基因列表；
6. 表S6：路德维希酵母UTAD17中参与主要碳、氮代谢通路的基因的功能注释信息，及其在葡萄汁有孢汉逊酵母（H. uvarum）、季也蒙毕赤酵母（H. guilliermondii）、德巴利有孢酵母（T. delbrueckii）与发酵假丝酵母（L. fermentati）中的对应直系同源基因注释；
7. 表S7：经预测可编码影响葡萄酒香气的酶类的基因列表；
8. 表S8：路德维希酵母UTAD17基因组中经预测可编码β-甘露糖基转移酶的基因列表；
9. 表S9：与酿酒酵母（S. cerevisiae）中被证实可介导乙醇、高葡萄糖耐受性或酿酒工艺环境耐受性的基因存在直系同源关系的路德维希酵母UTAD17基因列表；
10. 表S10：与酿酒酵母（S. cerevisiae）中被证实可介导二氧化硫（SO2）耐受性的基因存在直系同源关系的路德维希酵母UTAD17基因列表。