Dataset associated with Antczak et al., Environmental conditions shape the nature of a minimal bacterial genome published in Nature Communications 2019.

<br>Each file contains results obtained from a particular method for all the minimal genome proteins. Some of the results files are created by concatenation of separate protein or group of proteins results files.<br>Filename: 3DLigandSite.txtDescription: Structural models (in pdb format) generated by 3DLigandSite.<br>Filename: Argot2.5.txtDescription: Results (in csv format) containing Gene Ontology terms predicted by Argot2.5.<br>Filename: BLASTAgainstUniProt.txtDescription: Best BLAST for each of the proteins.<br>Filename: CATHFunFams.txtDescription: Results (in json format) containing CATH functional familes predicted by CATH FunFHMMer web server.<br>Filename: CombFunc.txtDescription: Results (in tsv format) containing Gene Ontology terms predicted by CombFunc.<br>Filename: DISOPRED3.txtDescription: Disorder ratio for each residue of all the proteins predicted by DISOPRED3.<br>Filename: eggNOG-Mapper.txtDescription: Results (in tsv format) containing Best Orthologous Groups, KEGG pathways, Gene Ontology terms, gene name, etc. predicted for all the proteins by eggNOG-Mapper.<br>Filename: FFPred3.txtDescription: Results containing Gene Ontology terms predicted by FFPred3.<br>Filename: InterPro.txtDescription: Results (in tsv format) containing families from all InterPro resources. Note interpro runs multiple domain/family based methods together so contains the results fro multiple individual programs<br>Filename: LipoP.txtDescription: Results containing predictions of lipoproteins.<br>Filename: LocTree3.txtDescription: Results (in csv format) containing Gene Ontology terms predicted by LocTree3.<br>Filename: Pfam.txtDescription: Domains predicted for each of the proteins by PfamScan.<br>Filename: Phyre2.txtDescription: Results containing names of matching structural models and the alignment predicted by Phyre2.<br>Filename: TIGRFAM.txtDescription: Families of equivalogs predicted for each of the proteins by Hmmer3.<br>Filename: TMHMM.txtDescription: Results containing proteins topology predicted by TMHMM.<br>Filename: TrSSP.txtDescription: Results containing predictions of transporters and possible substrates made by TrSSP. <br>

本数据集内每个文件均对应某一特定方法针对所有最小基因组蛋白所得到的分析结果。部分结果文件由单个蛋白或多蛋白组的单独结果文件拼接而成。
文件名：3DLigandSite.txt，描述：由3DLigandSite生成的结构模型（pdb格式）。
文件名：Argot2.5.txt，描述：包含Argot2.5预测得到的基因本体（Gene Ontology）术语的结果文件（逗号分隔值（csv）格式）。
文件名：BLASTAgainstUniProt.txt，描述：针对所有蛋白的最优BLAST比对结果。
文件名：CATHFunFams.txt，描述：包含由CATH FunFHMMer网页服务器预测得到的CATH功能家族的结果文件（JavaScript对象表示法（json）格式）。
文件名：CombFunc.txt，描述：包含CombFunc预测得到的基因本体术语的结果文件（制表符分隔值（tsv）格式）。
文件名：DISOPRED3.txt，描述：由DISOPRED3预测得到的所有蛋白各氨基酸残基的无序化比例。
文件名：eggNOG-Mapper.txt，描述：由eggNOG-Mapper为所有蛋白预测得到的最优同源类群、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路、基因本体术语、基因名称等信息的结果文件（制表符分隔值格式）。
文件名：FFPred3.txt，描述：包含FFPred3预测得到的基因本体术语的结果文件。
文件名：InterPro.txt，描述：结果文件（制表符分隔值格式），包含来自所有InterPro数据库资源的蛋白家族信息。注：InterPro会整合多种基于结构域/蛋白家族的分析方法，因此包含多个独立程序的分析结果。
文件名：LipoP.txt，描述：包含脂蛋白预测结果的文件。
文件名：LocTree3.txt，描述：包含LocTree3预测得到的基因本体术语的结果文件（逗号分隔值格式）。
文件名：Pfam.txt，描述：由PfamScan为各蛋白预测得到的结构域信息。
文件名：Phyre2.txt，描述：包含Phyre2预测得到的匹配结构模型名称及比对信息的结果文件。
文件名：TIGRFAM.txt，描述：由Hmmer3为各蛋白预测得到的等效同源物家族信息。
文件名：TMHMM.txt，描述：包含TMHMM预测得到的蛋白拓扑结构信息的结果文件。
文件名：TrSSP.txt，描述：包含TrSSP预测得到的转运蛋白及潜在底物信息的结果文件。