Neurofilament Degradome Atlas (NDA)

(I) A compressed ASCII encoded archive (NDA-all-datasets.tar.gz) which contains 5 datasets:The Neurofilament Degradome Atlas (NDA-dataset.txt): this is the basic dataset for the NDA. This is an ASCII, tab delimited, text file. The dataset contains the NDA IDs with their peptide sequences, protein properties calculated for ready use. All Neurofilament Degradome Atlas IDs reviewed in the validation study are tagged to the respective PRIDE repositories.NDA_self_matches: all self-matches in the NDA by BLAST+.NDA_non_self_matches: all non-self matches of the NDA with the SwissProt database.The unique NDA sequences for HSP.The unique NDA sequences for PD.(II) A compressed archive (NDA-codes-python.tar.gz) which contains the phyton codes for creation of the NDA from the FASTA sequences for each of the 5 Nf isoforms: NfH, NfM, NfL, INA, PRP.<br><b>Reference:</b><br>Petzold A. Proteolysis-Based Biomarker Repertoire of the Neurofilament Proteome. J Neurochem. 2025 Mar;169(3):e70023. doi: 10.1111/jnc.70023. PMID: 40066701; PMCID: PMC11894590.(I) 一个经压缩的ASCII编码归档文件（NDA-all-datasets.tar.gz），内含5个数据集： 神经丝降解组图谱（Neurofilament Degradome Atlas）数据集（NDA-dataset.txt）：该文件为NDA的基础数据集，属于ASCII格式、制表符分隔的文本文件，包含NDA标识符及其对应的肽序列、预计算完成的蛋白质属性。所有在验证研究中经过审核的神经丝降解组图谱标识符均已关联至对应的PRIDE存储库。 NDA_self_matches：NDA中通过BLAST+得到的所有自身匹配结果。 NDA_non_self_matches：NDA与瑞士蛋白质数据库（SwissProt）的所有非自身匹配结果。 针对热休克蛋白（HSP）的唯一NDA序列。 针对帕金森病（PD）的唯一NDA序列。 (II) 一个压缩归档文件（NDA-codes-python.tar.gz），内含用于从5种神经丝（Nf）亚型的FASTA序列生成NDA的Python代码，这5种亚型分别为NfH、NfM、NfL、INA、PRP。 <b>参考文献：</b> Petzold A. 神经丝蛋白质组的蛋白水解依赖性生物标志物谱. 《神经化学杂志》（J Neurochem）. 2025年3月;169(3):e70023. DOI: 10.1111/jnc.70023; PMID: 40066701; PMCID: PMC11894590.