Input and enriched files for the pf1600 dataset - ENPKG

Input files (.mgf spectra and .tsv metadata) and enriched files (metabolite annotation, molecular networks and taxonomical resolution results) for the pf1600 dataset described at https://doi.org/10.1093/gigascience/giac124 and used prior to their semantic enrichment and conversion to knowledge graphs as described in https://doi.org/10.1021/acscentsci.3c00800.

A typical directory looks like :

├── neg│   ├── isdb   │   │   ├── config.yaml│   │   ├── VGF159_A02_isdb_neg.tsv│   │   ├── VGF159_A02_isdb_reweighted_flat_neg.tsv│   │   ├── VGF159_A02_isdb_reweighted_neg.tsv│   │   ├── VGF159_A02_treemap_chemo_counted_neg.html│   │   └── VGF159_A02_treemap_chemo_intensity_neg.html│   ├── molecular_network│   │   ├── config.yaml│   │   ├── VGF159_A02_mn_metadata_neg.tsv│   │   └── VGF159_A02_mn_neg.graphml│   ├── VGF159_A02_features_ms2_neg.mgf│   ├── VGF159_A02_features_quant_neg.csv│   ├── VGF159_A02_lcms_method_params_neg.txt│   ├── VGF159_A02_lcms_processing_params_neg.xml│   ├── VGF159_A02_sirius_neg.mgf│   └── VGF159_A02_WORKSPACE_SIRIUS│       ├── canopus_compound_summary.tsv│       ├── canopus_formula_summary_adducts.tsv│       ├── canopus_formula_summary.tsv│       ├── canopus_neg.tsv│       ├── canopus_npc_neg.tsv│       ├── canopus_npc.tsv│       ├── canopus.tsv│       ├── compound_identifications_adducts.tsv│       ├── compound_identifications.tsv│       ├── csi_fingerid_neg.tsv│       ├── csi_fingerid.tsv│       ├── formula_identifications_adducts.tsv│       ├── formula_identifications.tsv│       ├── params.yml│       └── report.mztab├── pos│   ├── isdb│   │   ├── config.yaml│   │   ├── VGF159_A02_isdb_pos.tsv│   │   ├── VGF159_A02_isdb_reweighted_flat_pos.tsv│   │   ├── VGF159_A02_isdb_reweighted_pos.tsv│   │   ├── VGF159_A02_treemap_chemo_counted_pos.html│   │   └── VGF159_A02_treemap_chemo_intensity_pos.html│   ├── molecular_network│   │   ├── config.yaml│   │   ├── VGF159_A02_mn_metadata_pos.tsv│   │   └── VGF159_A02_mn_pos.graphml│   ├── VGF159_A02_features_ms2_pos.mgf│   ├── VGF159_A02_features_quant_pos.csv│   ├── VGF159_A02_lcms_method_params_pos.txt│   ├── VGF159_A02_lcms_processing_params_pos.xml│   ├── VGF159_A02_sirius_pos.mgf│   └── VGF159_A02_WORKSPACE_SIRIUS│       ├── canopus_neg.tsv│       ├── canopus_summary_adducts.tsv│       ├── canopus_summary.tsv│       ├── canopus.tsv│       ├── compound_identifications_adducts.tsv│       ├── compound_identifications.tsv│       ├── csi_fingerid_neg.tsv│       ├── csi_fingerid.tsv│       ├── formula_identifications_adducts.tsv│       ├── formula_identifications.tsv│       ├── npc_summary.csv│       ├── params.yml│       └── report.mztab├── rdf│   └── graph_params.yaml├── taxo_output│   ├── params.yaml│   ├── VGF159_A02_species.json│   ├── VGF159_A02_taxo_metadata.tsv│   └── VGF159_A02_taxon_info.json└── VGF159_A02_metadata.tsv