AlphaKnot

Based mainly on the pLDDT confidence values, entanglements are classified as Knots, Unsure, and Artifacts. The database portion of the server can be used, for example, to examine protein geometry and entanglement-function correlations, as a reference set for protein modeling, and for facilitating evolutional studies. The AlphaKnot server can be found at https://alphaknot.cent.uw.edu.pl/.本分类主要基于pLDDT置信度值，将蛋白质缠结结构划分为结（Knots）、不确定（Unsure）与人工伪影（Artifacts）三类。该服务器附带的数据库可应用于多项研究场景，例如分析蛋白质几何结构与缠结-功能相关性、作为蛋白质建模的参考数据集，以及助力进化相关研究。AlphaKnot服务器的访问地址为https://alphaknot.cent.uw.edu.pl/。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

AlphaKnot 2.0是一个数据库和服务器，用于基于pLDDT置信值测量AlphaFold预测蛋白质模型中的纠缠（如结），并提供Web服务器供研究人员分析自身预测。它编目了超过200M个蛋白质的AlphaFold预测中的结，支持多种文件格式输入和高级搜索功能。