Data of transcripts,ORFs and phenology of Allium victorialis

1. transcripts and ORFAntu_transcript_ORF.tar.gz # Antu sampleDongfeng1_transcript_ORF.tar.gz # Dongfeng1 sampleDongfeng2_transcript_ORF.tar.gz # Dongfeng2 sampleDunhua1_transcript_ORF.tar.gz # Dunhua1 sampleDunhua2_transcript_ORF.tar.gz # Dunhua2 sampleWangqing_transcript_ORF.tar.gz # Wangqing sample<br>Data of each sample includes three files, '*.fasta' (sequences of transcript), '*.cds' (ORFs of transcripts, nucleotide sequences), and '*.pep' (ORFs of transcripts, amino acids). For example, files of Wangqing sample are:Wangqing.ORF.cdsWangqing.ORF.pepWangqing.transcript.fasta<br>2. sequences (amino acids) of single-copy genes for constructing the phylogeny (phylogeny_data.tar.gz)105gene_align_16species.fa # concatenated amino acids of 105 genes105gene_align_16species.Gblock.fa # removed ambiguous sequences in '105gene_align_16species.fa' using Gblock method, this data was used for constructing phylogenetic tree<br>1. 转录本与开放阅读框（Open Reading Frame, ORF）数据集：包含以下压缩包：Antu_transcript_ORF.tar.gz（Antu样本）、Dongfeng1_transcript_ORF.tar.gz（东风1号样本）、Dongfeng2_transcript_ORF.tar.gz（东风2号样本）、Dunhua1_transcript_ORF.tar.gz（敦化1号样本）、Dunhua2_transcript_ORF.tar.gz（敦化2号样本）、Wangqing_transcript_ORF.tar.gz（汪清样本）。 每个样本对应三类数据文件：`*.fasta`（转录本序列文件）、`*.cds`（转录本开放阅读框的核苷酸序列文件）、`*.pep`（转录本开放阅读框的氨基酸序列文件）。以汪清样本为例，其配套文件为：Wangqing.ORF.cds、Wangqing.ORF.pep、Wangqing.transcript.fasta。 2. 用于构建系统发育树的单拷贝基因氨基酸序列数据集（phylogeny_data.tar.gz）：包含以下文件： - 105gene_align_16species.fa：105个基因的串联氨基酸序列文件； - 105gene_align_16species.Gblock.fa：通过Gblock方法去除105gene_align_16species.fa中的模糊序列后得到的数据集，用于系统发育树构建。