Felis catus

The DNA for this project came from the following sources: Name Breed Reads Pixel Burmese 331,813 Zeelie Persian 298,332 Tipper Cornish Rex 272,607 Scooter Ragdoll 298,409 Speedy Domestic Shorthair 310,364 Cocoa Siamese 293,712 Felix African wild cat 1,373,060 Cinnamon Abyssinian 8,186,934 This assembly adds 0.9X coverage to the 1.9X coverage of cinnamon assembly (ANG00000000). The 0.9X coverage comes from six other breeds and one wild cat from paired-end fosmid ABI 3730 reads. All 2.8X coverage was assembled and mapped to the cat genome as described in the 1.9X cat genome publication. The primary goal of this project is to discover SNPs, however, the assembly was a necessary step, and should prove quite useful to the research community.

本项目所使用的DNA样本来源于以下来源（样本名、品种、测序读段数）：
1. Pixel：缅甸猫（Burmese），331,813条读段
2. Zeelie：波斯猫（Persian），298,332条读段
3. Tipper：柯尼斯卷毛猫（Cornish Rex），272,607条读段
4. Scooter：布偶猫（Ragdoll），298,409条读段
5. Speedy：短毛家猫（Domestic Shorthair），310,364条读段
6. Cocoa：暹罗猫（Siamese），293,712条读段
7. Felix：非洲野猫（African wild cat），1,373,060条读段
8. Cinnamon：阿比西尼亚猫（Abyssinian），8,186,934条读段

本次基因组组装在Cinnamon样本组装（ANG00000000）的1.9X覆盖度基础上，新增了0.9X的测序覆盖度。该新增的0.9X覆盖度数据，来自6个其他品种的家猫及1只非洲野猫的双端粘粒（fosmid）ABI 3730测序读段。
所有总计2.8X覆盖度的测序数据均已完成组装，并映射至猫科动物参考基因组，相关实验方法参照已发表的1.9X猫基因组研究文献。
本项目的核心目标为发掘单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNPs），但基因组组装是必不可少的前置步骤，该组装成果也将对相关研究社群具有较高的应用价值。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集是猫（Felis catus）的基因组测序和组装项目，来源于NCBI BioProject PRJNA32759。它整合了多个猫品种和一只非洲野猫的DNA数据，将覆盖度从1.9X提升至2.8X，主要目标是通过组装发现单核苷酸多态性（SNPs），为研究社区提供有用的基因组资源。数据集包含28个样本、115个实验和504个运行，由多个研究机构合作完成，于2009年发布。