Wpływ hydrożeli modyfikowanych peptydami IL4 lub SDF1 na transkryptom mioblastów uzyskanych z ludzkich indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych

[PL:]Mięśnie szkieletowe charakteryzują się dużym potencjałem regeneracyjnym, który jednak może być niewystarczający w przypadku rozległych urazów mięśni, chorób mięśni czy starzenia. W celu opracowania wydanej i bezpiecznej metody leczenia takich mięśni testowane są różne metody. Wśród nich ważną rolę pełnią te oparte na biomateriałach i komórkach macierzystych oraz ich pochodnych.W bieżących doświadczeniach badaliśmy hydrożele bazujące na RADA16-I, zmodyfikowane poprzez połączenie z zaprojektowanymi fragmentami IL4 lub SDF1, jako narzędzie pozwalające na powstanie, utrzymanie a nawet wzmocnienie potencjału ludzkich mioblastów uzyskanych z indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPSCs), rozważanych w kontekście terapii komórkowych mięśni szkieletowych. Analizy objęły określenie wpływu hydrożeli na transkryptom mioblastów uzyskanych z iPSC. Ustaliliśmy, że w obecności w/w hydrożeli w mioblastach zmienia się ekspresja czynników zaangażowanych m.in. w regulację angiogenezy, modulację stanu zapalnego, adhezję komórek, neurogenezę i różnicowanie miogeniczne. W związku z tym hydrożele funkcjonalizowane peptydami IL4 lub SDF1 stymulują potencjał regeneracyjny mioblastów uzyskanych z ludzkich iPSC.Wykonano analizę NGS (Next Generation Sequencing Core Facility, Centrum Nowych Technologii) z wykorzystaniem mioblastów uzyskanych z ludzkich iPSC (linia MONO-ALLELIC mEGFP-TAGGED DMD hiPSC, Allen Institute for Cell Science), zebranych po 3 dniach hodowli:na kontrolnych szalkach pokrytych kolagenem I (próbki opisane jako iPSC_DMD_MB_colI_1 lub coll),na kontrolnym niemodyfikowanych hydrożelu RADA16-I (próbki opisane jako hiPSC_DMD_MB_R1 lub R1),na hydrożelu modyfikowanym peptydem SDF1 (próbki opisane jako hiPSC_DMD_MB_R1_SDF_1_X lub R1_SDF_1_X),na hydrożelu modyfikowanym peptydem IL4 (próbki opisane jako hiPSC_DMD_MB_R4_IL_4_Y lub R4_IL_4_Y).Analiza objęła 3 powtórzenia biologiczne.Dane z NGS występują w postaci:„rawCounts” - pliku z surowymi danymi (.txt)„comparison” - listy zidentyfikowanych transkryptów (.xlsx)