CAMI-I and CAMI-II Benchmarking (Leviathan)

Benchmarking and reformatted CAMI files for Leviathan publication. ``` tree -L 4.├── Benchmarking│ ├── benchmarking.global.tsv│ ├── benchmarking.per_organism.reformatted.tsv│ ├── benchmarking.per_organism.tsv│ └── benchmarking.resource_profiles.tsv├── CAMI-I│ ├── CAMI_high_toy│ │ ├── Analysis│ │ │ ├── annotations_output│ │ │ ├── benchmarking_output│ │ │ ├── checkm2_output│ │ │ ├── cluster_output│ │ │ └── intermediate│ │ ├── H_S001│ │ │ ├── contig_to_genome.tsv.gz│ │ │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_sample.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ │ ├── genomes│ │ │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz│ │ │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz│ │ │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz│ │ │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ │ ├── protein_to_genome.tsv.gz│ │ │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ └── reads│ │ ├── H_S002│ │ │ ├── contig_to_genome.tsv.gz│ │ │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_sample.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ │ ├── genomes│ │ │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz│ │ │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz│ │ │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz│ │ │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ │ ├── protein_to_genome.tsv.gz│ │ │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ └── reads│ │ ├── H_S003│ │ │ ├── contig_to_genome.tsv.gz│ │ │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_sample.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ │ ├── genomes│ │ │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz│ │ │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz│ │ │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz│ │ │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ │ ├── protein_to_genome.tsv.gz│ │ │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ └── reads│ │ ├── H_S004│ │ │ ├── contig_to_genome.tsv.gz│ │ │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_sample.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ │ ├── genomes│ │ │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz│ │ │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz│ │ │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz│ │ │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ │ ├── protein_to_genome.tsv.gz│ │ │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ └── reads│ │ ├── H_S005│ │ │ ├── contig_to_genome.tsv.gz│ │ │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_sample.tsv.gz│ │ │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ │ ├── genomes│ │ │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz│ │ │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz│ │ │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz│ │ │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ │ ├── protein_to_genome.tsv.gz│ │ │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz│ │ │ └── reads│ │ ├── identifiers.list│ │ └── lineages.reformatted.tsv│ ├── CAMI_low_toy│ │ ├── Analysis│ │ │ ├── annotations_output│ │ │ ├── benchmarking_output│ │ │ ├── checkm2_output│ │ │ ├── cluster_output│ │ │ └── intermediate│ │ ├── identifiers.list│ │ ├── lineages.reformatted.tsv│ │ └── S_S001│ │ ├── contig_to_genome.tsv.gz│ │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz│ │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz│ │ ├── genome_to_sample.tsv.gz│ │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ ├── genomes│ │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz│ │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz│ │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz│ │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ ├── protein_to_genome.tsv.gz│ │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz│ │ └── reads│ └── CAMI_medium_toy│ ├── Analysis│ │ ├── annotations_output│ │ ├── benchmarking_output│ │ ├── checkm2_output│ │ ├── cluster_output│ │ └── intermediate│ ├── identifiers.list│ ├── lineages.reformatted.tsv│ ├── M2_S001│ │ ├── contig_to_genome.tsv.gz│ │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz│ │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz│ │ ├── genome_to_sample.tsv.gz│ │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ ├── genomes│ │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz│ │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz│ │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz│ │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz│ │ ├── protein_to_genome.tsv.gz│ │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz│ │ └── reads│ └── M2_S002│ ├── contig_to_genome.tsv.gz│ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz│ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz│ ├── genome_to_sample.tsv.gz│ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz│ ├── genomes│ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz│ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz│ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz│ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz│ ├── protein_to_genome.tsv.gz│ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz│ └── reads└── CAMI-II └── Marine ├── Analysis │ ├── annotations_output │ ├── benchmarking_output │ ├── checkm2_output │ ├── cluster_output │ └── intermediate ├── identifiers.list ├── sample_0 │ ├── contig_to_genome.tsv.gz │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_sample.tsv.gz │ ├── genome_to_taxid.tsv.gz │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── genomes │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz │ ├── lineages.reformatted.tsv.gz │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── protein_to_genome.tsv.gz │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz │ └── reads ├── sample_1 │ ├── contig_to_genome.tsv.gz │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_sample.tsv.gz │ ├── genome_to_taxid.tsv.gz │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── genomes │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz │ ├── lineages.reformatted.tsv.gz │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── protein_to_genome.tsv.gz │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz │ └── reads ├── sample_2 │ ├── contig_to_genome.tsv.gz │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_sample.tsv.gz │ ├── genome_to_taxid.tsv.gz │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── genomes │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz │ ├── lineages.reformatted.tsv.gz │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── protein_to_genome.tsv.gz │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz │ └── reads ├── sample_3 │ ├── contig_to_genome.tsv.gz │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_sample.tsv.gz │ ├── genome_to_taxid.tsv.gz │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── genomes │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz │ ├── lineages.reformatted.tsv.gz │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── protein_to_genome.tsv.gz │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz │ └── reads ├── sample_4 │ ├── contig_to_genome.tsv.gz │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_sample.tsv.gz │ ├── genome_to_taxid.tsv.gz │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── genomes │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz │ ├── lineages.reformatted.tsv.gz │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── protein_to_genome.tsv.gz │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz │ └── reads ├── sample_5 │ ├── contig_to_genome.tsv.gz │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_sample.tsv.gz │ ├── genome_to_taxid.tsv.gz │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── genomes │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz │ ├── lineages.reformatted.tsv.gz │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── protein_to_genome.tsv.gz │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz │ └── reads ├── sample_6 │ ├── contig_to_genome.tsv.gz │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_sample.tsv.gz │ ├── genome_to_taxid.tsv.gz │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── genomes │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz │ ├── lineages.reformatted.tsv.gz │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── protein_to_genome.tsv.gz │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz │ └── reads ├── sample_7 │ ├── contig_to_genome.tsv.gz │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_sample.tsv.gz │ ├── genome_to_taxid.tsv.gz │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── genomes │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz │ ├── lineages.reformatted.tsv.gz │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── protein_to_genome.tsv.gz │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz │ └── reads ├── sample_8 │ ├── contig_to_genome.tsv.gz │ ├── contig_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_pangenome.tsv.gz │ ├── genome_to_sample.tsv.gz │ ├── genome_to_taxid.tsv.gz │ ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── genomes │ ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz │ ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz │ ├── lineages.reformatted.tsv.gz │ ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz │ ├── protein_to_genome.tsv.gz │ ├── protein_to_pangenome.tsv.gz │ └── reads └── sample_9 ├── contig_to_genome.tsv.gz ├── contig_to_pangenome.tsv.gz ├── genome_to_pangenome.tsv.gz ├── genome_to_sample.tsv.gz ├── genome_to_taxid.tsv.gz ├── genome_to_taxonomy.tsv.gz ├── genomes ├── identifier_mapping.contigs.tsv.gz ├── identifier_mapping.genomes.tsv.gz ├── identifier_mapping.pangenomes.tsv.gz ├── lineages.reformatted.tsv.gz ├── pangenome_to_taxonomy.tsv.gz ├── protein_to_genome.tsv.gz ├── protein_to_pangenome.tsv.gz └── reads 86 directories, 231 files ```