Analiza różnic transkryptomu perycytów CD146+ izolowanych z myszy szczepu dzikiego i myszy szczepu mdx

Projekt dotyczy zbadania różnic w profilu ekspresji genów w perycytach syntezujących marker CD146 (perycyty CD146+) izolowanych z mięśni szkieletowych kończyn tylnych myszy szczepu dzikiego (WT) oraz mięśni myszy szczepu mdx (mdx), które w badaniach podstawowych służą za model ludzkiej choroby – dystrofii mięśniowej Duchenne’a. Komórki wyizolowano z mięśni szkieletowych myszy WT oraz mdx, sortowano z wykorzystaniem kolumn magnetycznych aby wzbogacić populację komórek CD146+. Po 5 dniach hodowli komórki zebrano i wyizolowano całkowite RNA. Wykonano analizę NGS (Next Generation Sequencing Core Facility, Centrum Nowych Technologii).Dane z wysokoprzepustowego sekwencjonowania występują w postaci:„rawCounts” - pliku z surowymi danymi (.txt)„comparsion” - list zidentyfikowanych taranskryptów (.xlsx)"MDX_1_R1.001" - wyniki sekwencjonowania - forward (.fastq)"MDX_1_R2.001" - wyniki sekwencjonowania - reverse (.fastq)"WT_1_R1.001" - wyniki sekwencjonowania - forward (.fastq)"WT_1_R2.001" - wyniki sekwencjonowania - reverse (.fastq)Dla poszczególnych wariantów eksperymentu:WT – perycyty CD146+ izolowane z mięśni szkieletowych myszy szczepu dzikiegomdx – perycyty CD146+ izolowane z mięśni szkieletowych myszy szczepu mdx.