1aurent/RxRx1

RxRx1是一个专门设计用于系统研究批次效应校正方法的生物数据集。该数据集包含125,510张高分辨率荧光显微镜图像，这些图像是在4种细胞类型中，对1,138种遗传扰动进行51个实验批次的结果。通过视觉检查可以明显看出显著的批次效应。数据集提出了一个分类任务，旨在评估这些图像上实验批次校正方法的有效性，并检查多种校正方法在此任务上的表现。发布RxRx1的目的是鼓励开发能够推广到未见实验批次的有效校正方法。

原始信息汇总

RxRx1: A Dataset for Evaluating Experimental Batch Correction Methods

数据集描述

基本信息

• 许可证: cc-by-sa-4.0
• 数据规模: 100K<n<1M
• 任务类别: image-classification
• 标签: biology, drug, cells

配置

• 默认配置:
  • 训练数据: data/train-*
  • 测试数据: data/test-*

数据集信息

• 特征:
  • image:
    • 类型: array3_d
    • 数据类型: uint8
    • 形状: [512, 512, 6]
  • site_id: 字符串
  • well_id: 字符串
  • cell_type: 字符串
  • experiment: 字符串
  • plate: 整数 (int32)
  • well: 字符串
  • site: 整数 (int32)
  • well_type:
    • 类型: class_label
    • 名称:
      • 0: treatment
      • 1: positive_control
      • 2: negative_control
  • sirna: 字符串
  • sirna_id: 整数 (int32)
  • embeddings:
    • 序列: float32
    • 长度: 128

数据分割

• 训练集:
  • 字节数: 213139738276
  • 样本数: 81224
• 测试集:
  • 字节数: 116210798412
  • 样本数: 44286

数据集大小

• 总大小: 329350536688

其他信息

• paperswithcode_id: rxrx1