Barcoding ADN diatomées : Complétion de la bibliothèque de référence Diat.barcode

La base Diat.barcode est une bibliothèque de barcodes de référence qui permet de réaliser des identifications de séquences ADN environnementales issues de métabarcoding ADN. Nous avons évalué sa complétude pour des échantillons provenant de différentes régions. Nous avons publié de nouvelles versions de la base pendant le projet (v7 -> v10), faisant nettement augmenter la proportion de séquences identifiées : métropole 83% -> 91%, Réunion 71% -> 90%, Antilles 45% -> 84%, Mayotte 45 -> 58%. Pour la Guyane, en raison d’une taxonomie (morphologique) trop balbutiante, la complétion n’a pas été possible. En métropole, lorsque l’on compare les valeurs d’indices IBD obtenues en microscopie et en moléculaire, là aussi, on observe que les dernières versions (v9 et v10) permettent d’avoir des indices mieux corrélés. L’écart moyen de notes entre les deux méthodes est passé de 2.1 points (v7) à 1.6 points (v9 et v10). Mais la méthode moléculaire sous-estime assez souvent la qualité. La raison réside dans des biais liés aux deux méthodes, certains étant bien identifiés en microscopie (destruction de frustules fragiles, identifications influencées par le cortège et de la connaissance de la station). Enfin, une action de formation a été réalisée en février et à laquelle plusieurs agents du MTES ont participé. Cette formation a été très appréciée par les stagiaires. Les perspectives entrevues sont : - De continuer à réaliser des séquençages sur les régions non prospectées (Landes, Massif central, BV Seine, BV Saône, …etc…) pour améliorer la base de référence, - Identifier les biais de chaque méthode et établir des passerelles entre méthodes pour les rendre comparables, - Inclure des sites à forte pression anthropique, même très localisés, afin d'améliorer la couverture des gradients d'altération et mieux informer l'écologie de l'altération des taxons - Continuer à réaliser des actions de transfert de la méthode (formation, tutorat), - Exploiter les exercices d’intercomparaison de protocoles et de conservation d’ADN coordonnés par INRAE Carrtel pour en établir des recommandations.