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Endoscapes2023|腹腔镜手术数据集|医学图像处理数据集

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github2023-12-20 更新2024-05-31 收录
腹腔镜手术
医学图像处理
下载链接:
https://github.com/CAMMA-public/Endoscapes
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资源简介:
Endoscapes2023是一个全面的腹腔镜视频数据集,用于外科解剖和工具分割、物体检测以及安全视图(CVS)评估。该数据集专注于腹腔镜胆囊切除术视频中的一个感兴趣区域,在该区域中,CVS是相关的且定义良好:在解剖阶段和第一个夹/切胆囊动脉或胆囊管之前。

Endoscapes2023 is a comprehensive laparoscopic video dataset designed for surgical anatomy and tool segmentation, object detection, and Critical View of Safety (CVS) assessment. The dataset focuses on a region of interest within laparoscopic cholecystectomy videos, where the CVS is relevant and well-defined: during the dissection phase and prior to the first clip/cut of the cystic artery or cystic duct.
创建时间:
2023-12-13
原始信息汇总

数据集概述

数据集名称

Endoscapes2023

数据集目的

用于外科解剖和工具分割、对象检测以及安全视角(CVS)评估的综合腹腔镜视频数据集。

数据集内容

数据集分为三个子数据集:

  1. Endoscapes-CVS201: 包含11090帧,来自201个视频,由3位专家标注CVS。这些帧均匀分布,每5秒一帧,总共有58813帧(1fps)。
  2. Endoscapes-BBox201: 包含1933帧,来自201个视频,标注了5个解剖结构/区域和1个工具类(共6类)的边界框。这些帧每30秒一帧。
  3. Endoscapes-Seg50: 包含493帧,来自50个视频,标注了6个类的实例和语义分割掩码。这是Endoscapes-BBox201的一个子集,选择了约25%的视频,每30秒一帧。

文件结构

数据集的文件结构如下:

  • 所有注释采用COCO格式,CVS标签作为图像级标签编码。
  • 训练、验证和测试集分别包含相应的图像和注释文件。
  • 训练集分割为12.5%和25%的官方分割,各有三个折叠。
  • 包含所有元数据的CSV文件和用于实例和语义分割的额外文件。

注释格式

  • 所有注释文件采用COCO格式。
  • CVS标签表示三位注释者对每个标准的平均值,小数表示注释者之间的分歧。

使用许可

数据集遵循CC BY-NC-SA 4.0许可,仅供非商业科学研究使用。

AI搜集汇总
数据集介绍
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构建方式
Endoscapes2023数据集的构建基于腹腔镜胆囊切除术视频,聚焦于手术解剖和工具分割、目标检测以及关键安全视图(CVS)评估。数据集通过从201个视频中提取帧,并以5秒和30秒的间隔进行标注,涵盖了胆囊、胆囊管、胆囊动脉等解剖结构的边界框和分割掩码。标注工作由三位专家完成,CVS标签为三位标注者的平均值,确保了数据的准确性和一致性。数据集分为三个子集:Endoscapes-CVS201、Endoscapes-BBox201和Endoscapes-Seg50,分别用于CVS评估、目标检测和实例分割任务。
特点
Endoscapes2023数据集的特点在于其多任务适用性,涵盖了手术场景分割、目标检测和CVS评估等多个领域。数据集提供了丰富的标注信息,包括边界框、实例分割掩码和语义分割掩码,且所有标注均采用COCO格式,便于与其他计算机视觉任务兼容。此外,数据集还提供了未标注的中间帧,支持半监督学习和时间序列模型的训练。数据集的分割和标注工作由多位专家完成,确保了高质量的标注数据,适用于高精度的医学图像分析任务。
使用方法
Endoscapes2023数据集的使用方法灵活多样,适用于多种计算机视觉任务。用户可以通过下载数据集并加载COCO格式的标注文件,快速进行目标检测、实例分割和CVS评估等任务的训练和测试。数据集提供了详细的文件结构和标注说明,用户可以根据任务需求选择不同的子集进行实验。此外,数据集还提供了基准模型和代码示例,用户可以参考相关技术报告和GitHub仓库,快速上手并复现实验结果。数据集的使用需遵守CC BY-NC-SA 4.0许可协议,仅限于非商业科学研究用途。
背景与挑战
背景概述
Endoscapes2023数据集由法国斯特拉斯堡大学CAMMA研究团队于2023年发布,旨在为腹腔镜手术场景中的解剖结构分割、工具检测以及关键安全视野(CVS)评估提供高质量的数据支持。该数据集聚焦于胆囊切除术中的解剖区域,涵盖了手术视频中的关键帧,并提供了丰富的标注信息,包括CVS评估、边界框标注以及实例和语义分割标注。Endoscapes2023的发布为手术计算机视觉领域的研究提供了重要的数据基础,推动了手术场景理解与安全评估技术的发展。
当前挑战
Endoscapes2023数据集在解决腹腔镜手术场景理解问题时面临多重挑战。首先,手术视频中的解剖结构复杂且动态变化,导致精确分割和检测难度较大。其次,CVS评估依赖于专家标注,而不同专家之间的标注一致性难以保证,这为模型训练带来了不确定性。此外,数据集的构建过程中,视频帧的选择与标注需要极高的专业性和时间成本,尤其是在处理大规模视频数据时,如何高效提取关键帧并确保标注质量成为一大难题。这些挑战不仅体现在数据集的构建上,也对后续模型的性能提出了更高的要求。
常用场景
经典使用场景
Endoscapes2023数据集在腹腔镜手术视频分析领域具有广泛的应用,尤其是在胆囊切除术的解剖结构分割、手术工具检测以及关键安全视图(CVS)评估方面。该数据集通过提供高质量的标注视频帧,支持深度学习模型在手术场景中的精确分割和检测任务。研究人员可以利用这些数据开发自动化工具,辅助外科医生在手术过程中识别关键解剖结构,确保手术安全。
实际应用
在实际应用中,Endoscapes2023数据集为开发智能手术辅助系统提供了重要支持。例如,基于该数据集训练的模型可以实时分析手术视频,自动识别胆囊、胆囊管、胆囊动脉等关键解剖结构,并评估手术过程中的关键安全视图。这些功能能够显著提升手术的精确性和安全性,减少人为错误的发生。此外,数据集还可用于培训外科医生,帮助他们通过模拟手术场景提高操作技能。
衍生相关工作
Endoscapes2023数据集已经衍生出多项经典研究工作。例如,Murali等人(2023)利用该数据集开发了基于潜在图表示的关键安全视图评估方法,显著提升了CVS评估的准确性。Alapatt等人(2021)提出了时间约束神经网络(TCNN)框架,利用数据集中的半监督学习潜力,实现了视频语义分割的突破。此外,Ramesh等人(2023)通过自监督学习方法,进一步挖掘了数据集在手术计算机视觉中的潜力,推动了该领域的技术进步。
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