HCSGD

To systematically research the mechanism of cellular senescence, we construct the Human Cellular Senescence Gene Database (HCSGD) to integrate six types of senescence-associated information about human into one unified platform, including literature mining identified cellular senescence-associated genes and gene interactions from PubMed literature abstracts, the protein-protein interaction network from HPRD, high-throughput gene and microRNA expression profiling data from GEO, gene ontology annotations and information about which genes could be targeted by miRNAs (miRTarBase and miRecords), drugs (DRUGBANK) or compounds (ChEMBL). HCSGD provides comprehensive gene annotations, results of integrative meta-analysis and convenient links to other databases.

为系统探究细胞衰老的作用机制，我们构建了人类细胞衰老基因数据库（Human Cellular Senescence Gene Database，HCSGD），将六类与人类衰老相关的信息整合至统一平台。该数据库涵盖的信息包括：从PubMed文献摘要中经文献挖掘识别得到的细胞衰老相关基因及基因互作关系、来自人类蛋白质参考数据库（Human Protein Reference Database，HPRD）的蛋白质-蛋白质互作网络、来自基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）的高通量基因与微RNA表达谱数据、基因本体注释信息，以及可被微RNA（miRNA）靶向的基因相关信息（来源于miRTarBase与miRecords数据库）、药物靶向关联信息（来源于DRUGBANK数据库）与化合物靶向关联信息（来源于ChEMBL数据库）。HCSGD提供全面的基因注释内容、整合性荟萃分析结果，并提供指向其他数据库的便捷链接。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

HCSGD是一个整合了多种人类细胞衰老相关数据的综合性数据库，包括基因、基因相互作用、表达数据和靶向关系等信息，为研究细胞衰老机制提供了统一的平台。