Antibiotic perseverance increases the risk of resistance development

Experimental data description
All experiments performed are timelapse microscopy experiments. Each experiment contains two directories, one containing phase contrast images arranged by positions on the microfluidic device, and the other contains the analysis scripts. The 'Overview.csv' file contains a full description for the conditions in each experiment.
Experiments can be divided into 3 categories:

1. 4h exposure to various antibiotics (E. coli)
These are the main experiments within the paper where cells are exposed to various antibiotics at 1/8x, 1/4x, 1/2x and 1x MIC.  
a) EXP-21-BW5663_LB-1.zip (LB replicate 1)
b) EXP-22-BY2422_LB-2.zip (LB replicate 2)
c) EXP-21-BW5667_CAR-1.zip (CAR replicate 1)
d) EXP-22-BY1020_CAR-2.zip (CAR replicate 2)
e) EXP-21-BT2897_CRO-1.zip (CRO replicate 1)
f) EXP-22-BY2425_CRO-2.zip (CRO replicate 2)
g) EXP-21-BY1007_CHL-1.zip (CHL replicate 1)
h) EXP-22-BY1043_CHL-2.zip (CHL replicate 2)
i) EXP-21-BT2896_CIP-1.zip (CIP replicate 1)
j) EXP-22-BY2424_CIP-2.zip (CIP replicate 2)
k) EXP-21-BW5664_GEN-1.zip (GEN replicate 1)
l) EXP-22-BY1022_GEN-2.zip (GEN replicate 2)
m) EXP-21-BW5666_NIT-1.zip (NIT replicate 1)
n) EXP-22-BY2419_NIT-2.zip (NIT replicate 2)
o) EXP-21-BT2898_RIF-1.zip (RIF replicate 1)
p) EXP-21-BY1000_RIF-2.zip (RIF replicate 2)
q) EXP-21-BW5661_SPT-1.zip (SPT replicate 1)
r) EXP-21-BY1019_SPT-2.zip (SPT replicate 2)
s) EXP-21-BW5658_TET-1.zip (TET replicate 1)
t) EXP-22-BY2421_TET-1.zip (TET replicate 2)

2. 17h exposure to rifampicin (E. coli, S. enterica)
These experiments were performed to test the effect of long-term rifampicin exposure on Escherichia coli and Salmonella enterica.
a) EXP-21-BT2899.zip (E. coli)
b) EXP-21-BY1015.zip (S. enterica)

3. Growth in minimal medium (E. coli)
This experiment was performed to test how reducing the cellular growth rate (without antibiotics) affects the cell-to-cell growth heterogeneity.
a) EXP-22-BY2420.zip

Code
The 'codefolder' contains the ImAnalysis pipeline and the UNet used for image analysis. The scripts and parameter files to perform the image analysis are provided within each individual experiment folder. 
The 'Data_analysis' folder contains three directories: (i) 'Analysis_scripts', which contains the R scripts used for data analysis and figure generation; (ii) 'Raw_data', which contains the raw data underlying the figures in the paper; and (iii) 'Results', which is the output directory for the figures generated by the analysis scripts.

实验数据描述

所有进行的实验均为时间分辨显微镜实验。每个实验包含两个目录，其中一个目录包含按微流控装置上的位置排列的相位对比图像，另一个目录包含分析脚本。'Overview.csv' 文件包含了每个实验条件下完整描述。
实验可分为以下三个类别：

1. 暴露于各种抗生素（大肠杆菌）下的4小时实验
这些是论文中的主要实验，其中细胞暴露于1/8x、1/4x、1/2x和1x最小抑菌浓度（MIC）的各种抗生素中。

a) EXP-21-BW5663_LB-1.zip（LB重复实验1）
b) EXP-22-BY2422_LB-2.zip（LB重复实验2）
c) EXP-21-BW5667_CAR-1.zip（CAR重复实验1）
d) EXP-22-BY1020_CAR-2.zip（CAR重复实验2）
e) EXP-21-BT2897_CRO-1.zip（CRO重复实验1）
f) EXP-22-BY2425_CRO-2.zip（CRO重复实验2）
g) EXP-21-BY1007_CHL-1.zip（CHL重复实验1）
h) EXP-22-BY1043_CHL-2.zip（CHL重复实验2）
i) EXP-21-BT2896_CIP-1.zip（CIP重复实验1）
j) EXP-22-BY2424_CIP-2.zip（CIP重复实验2）
k) EXP-21-BW5664_GEN-1.zip（GEN重复实验1）
l) EXP-22-BY1022_GEN-2.zip（GEN重复实验2）
m) EXP-21-BW5666_NIT-1.zip（NIT重复实验1）
n) EXP-22-BY2419_NIT-2.zip（NIT重复实验2）
o) EXP-21-BT2898_RIF-1.zip（RIF重复实验1）
p) EXP-21-BY1000_RIF-2.zip（RIF重复实验2）
q) EXP-21-BW5661_SPT-1.zip（SPT重复实验1）
r) EXP-21-BY1019_SPT-2.zip（SPT重复实验2）
s) EXP-21-BW5658_TET-1.zip（TET重复实验1）
t) EXP-22-BY2421_TET-1.zip（TET重复实验2）

2. 对利福平的17小时暴露（大肠杆菌，沙门氏菌）
这些实验旨在测试长期利福平暴露对大肠杆菌和沙门氏菌的影响。

a) EXP-21-BT2899.zip（大肠杆菌）
b) EXP-21-BY1015.zip（沙门氏菌）

3. 在最小培养基中的生长（大肠杆菌）
该实验旨在测试通过减少细胞生长速率（不使用抗生素）如何影响细胞间的生长异质性。

a) EXP-22-BY2420.zip

代码

'codefolder' 包含 ImAnalysis 流程和用于图像分析的 UNet。
每个单独的实验文件夹内提供了执行图像分析的脚本和参数文件。

'Data_analysis' 文件夹包含三个子目录：（i）'Analysis_scripts'，其中包含用于数据分析和分析图生成的 R 脚本；（ii）'Raw_data'，其中包含论文中图表的底层原始数据；（iii）'Results'，为分析脚本生成的图表的输出目录。