TE polymorphisms detection and analysis

This dataset contains i) output files from "Kozlowski D. 2020a. Transposable Elements prediction and annotation in the M. incognita genome. Portail Data INRAE [Internet]. Available from: https://doi.org/10.15454/EPTDOS", "Kozlowski D. 2020b. Transposable Elements prediction and annotation in the C. elegans genome. Portail Data INRAE [Internet]. Available from: https://doi.org/10.15454/LQCIW0", and "These analyses are presented in detail in Kozlowski D, Da Rocha M, Danchin E. 2020. TE-related genes: annotation, characterisation, and expression. Portail Data INRAE [Internet]. Available from: https://doi.org/10.15454/DLDJVF" ; ii) popoolationTE2 workflow used to detect polymorphism across M. incognita's isolates and evaluate the tool error rate; iii) the global analysis workflow and associated results; and iv) the produced figures. Download: In order to preserve the folder and file tree structure (easier to reproduce the analyses), select all the files and click on download (original format). The download of a .zip archive should start. Once downloaded, extract the contents of the archive.

本数据集包含四类内容：i) 来自三篇已发表文献的输出文件，分别为：1. Kozlowski D. 2020a. 《南方根结线虫（*Meloidogyne incognita*）基因组中转座因子（Transposable Elements）的预测与注释》，INRAE数据门户[互联网]，可获取自：https://doi.org/10.15454/EPTDOS；2. Kozlowski D. 2020b. 《秀丽隐杆线虫（*Caenorhabditis elegans*）基因组中转座因子的预测与注释》，INRAE数据门户[互联网]，可获取自：https://doi.org/10.15454/LQCIW0；3. Kozlowski D、Da Rocha M、Danchin E. 2020. 《转座因子相关基因（TE-related genes）：注释、表征与表达》，INRAE数据门户[互联网]，可获取自：https://doi.org/10.15454/DLDJVF，相关分析的详细内容已刊载于该文献中；ii) 用于检测南方根结线虫不同分离株间多态性并评估该工具错误率的popoolationTE2分析流程；iii) 全局分析流程及相关配套结果；iv) 生成的科研图表。下载说明：为保留文件夹与文件树结构（便于复现分析流程），请全选所有文件并点击下载（原始格式），随后将启动.zip压缩包的下载。下载完成后，解压该压缩包即可获取全部内容。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

该数据集专注于转座元件（TE）多态性的检测与分析，特别针对植物寄生虫M. incognita的分离株。它整合了先前研究的输出文件、popoolationTE2工作流程用于多态性检测和错误率评估，以及全局分析结果和图表，旨在支持基因组学中TE相关研究。数据集包含104个公开文件，涵盖文档、数据和代码等多种类型，适用于地球与环境科学及生命科学领域的研究人员。