FUNAGE-Pro

Gene set enrichment analysis is a method to identify overrepresented functional classes in sets of genes or proteins. FUNAGE-Pro can uncover biological functions in gene sets derived from differential genes/proteins expression analysis of any bacterial genome. Next to a single list of genes, it support analysis of multiple experiments, time-series, clusters (e.g., k-means clusters) and network modules. For all complete bacterial genomes of RefSeq and Genbank (>50.000) we (re-)constructed databases for nine important functional protein classifications; GO, COG, EggNOG-COG, EggNOG, InterPro, KEGG, PFAM, KEYWORDS and OPERONS.基因集富集分析（Gene Set Enrichment Analysis）是一种用于在基因或蛋白质集合中识别过度富集功能类别的方法。FUNAGE-Pro可用于挖掘源自任意细菌基因组差异基因/蛋白质表达分析所得基因集合的生物学功能。除支持单基因列表分析外，该工具还可支持多实验、时间序列、聚类（如k-means聚类）及网络模块的分析。针对RefSeq与GenBank收录的超过5万个完整细菌基因组，我们（重新）构建了覆盖九类重要功能蛋白质分类的数据库，涵盖基因本体论（Gene Ontology，GO）、直系同源蛋白簇（Cluster of Orthologous Groups of proteins，COG）、进化基因同源组-直系同源蛋白簇（EggNOG-COG）、进化基因同源组（EggNOG）、InterPro、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）、PFAM、关键词注释（KEYWORDS）以及操纵子（OPERONS）。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

FUNAGE-Pro是一个用于基因集富集分析的数据集，专门针对细菌基因组，能够从差异基因/蛋白质表达分析中揭示生物学功能。它支持单基因列表、多实验、时间序列、聚类和网络模块等多种分析类型，并为RefSeq和Genbank中超过5万个完整细菌基因组重建了九个关键功能蛋白分类数据库，包括GO、COG、KEGG等。