Candidate_transcription_factors_that_may_regulate_ZmME3.xlsx

Este archivo recopila 2077 factores de transcripción (FTs) que podrían regular la expresión de ZmME3, obtenidos de cinco fuentes de información: tres derivadas de diseños experimentales con clusterización, una basada en redes reguladoras génicas (GRN) y otra proveniente de experimentos de Y1H screening. Las filas están ordenadas según la cantidad de genes dianas coexpresados con ZmME3 (Genes_co-expressed_with_ZmME3.xlsx) según MTGRN. Las columnas presentan una organización detallada de cada gen, incluyen identificadores (IDs) génicos y proteicos, asignaciones propias de nombres, descripciones genéticas, aliases, referencias bibliográficas, datos de expresión (enriquecimiento en tejidos, especificidad en distintos órganos y tejidos, sensibilidad a estrés [abiótico y biótico], patrones de splicing), asignación de ortología con A. thaliana, identificación de conservación de coexpresión con AtME1 (homóloga de ZmME3), brindando información relevante sobre la relación conservada dicotiledónea-monocotiledónea. También se identifican genes de Z. mays que coexpresan con ZmME3 según ATTED-II.
También proporciona información de Maize Tissue GRN sobre el número de genes dianas en distintas categorías: total en semilla, coexpresados con ZmME3, presentes en cada uno de los 6 Grupos definidos previamente, y presentes en cada uno de 3 Grupos adicionales (Information can be found in Readme.txt).
Los nombres de genes marcados con un asterisco indican que su ID génico no es única en cada versión genómica. - - - - - - - - ENGLISH VERSION - - - - - - - - This file compiles 2,077 transcription factors (TFs) that may regulate the expression of ZmME3, obtained from five sources of information: three derived from experimental designs with clustering, one based on gene regulatory networks (GRN), and another from Y1H screening experiments.
The rows are ordered according to the number of target genes co-expressed with ZmME3 (Genes_co-expressed_with_ZmME3.xlsx) based on MTGRN. The columns provide a detailed organization of each gene, including gene and protein identifiers (IDs), assigned names, genetic descriptions, aliases, bibliographic references, expression data (tissue enrichment, specificity in various organs and tissues, stress sensitivity [abiotic and biotic], splicing patterns), orthology assignment with A. thaliana, and identification of conserved co-expression with AtME1 (the homolog of ZmME3), offering relevant insights into the conserved dicot-monocot relationship.
Additionally, Z. mays genes that co-express with ZmME3 according to ATTED-II are identified. The file also includes information from Maize Tissue GRN on the number of target genes in different categories: total in seed, co-expressed with ZmME3, present in each of the six previously defined Groups, and present in three additional Groups (Information can be found in Readme.txt).
Gene names marked with an asterisk indicate that their gene ID is not unique across genomic versions.