Wstępna analiza genów 16s rRNA oraz nodA nierizobiowych endosymbiontów koniczyny białej (Trifolium repens) i czerwonej (Trifolium pratense)

Materiał do badań stanowiło DNA genomowe wyizolowane z hodowli płynnej izolatów bakteryjnych zasiedlających brodawki korzeniowe. DNA genomowe izolowano komercyjnym zestawem Genomic Mini firmy A&A biotechnology. Następnie przeprowadzno reakcję PCR ze starterami Y1 (5′-TGGCTCAGAACGAACGCTGGCGGC-3′), Y2 (5′-CCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGT-3′) amplifikującymi fragment genu 16S rRNA oraz gyrA-F 5’-CAGTCAGGAAATGCGTACGTCCTT-3’, gyrA-R 5’- CAAGGTAATGCTCCAGGCATTGCT-3’; atpDF 5’-ATCGGCGAGCCGGTCGACGA-3’, atpDR 5’-GCCGACACTTCCGAACCNGCCTG-3’; recA6F 5’-CGKCTSGTAGAGGAYAAATCGGTGGA-3’, recA555R 5’-CGRATCTGGTTGATGAAGTCACCAT-3’; nodA-1 5’-TGCRGTGGAARNTRNNCTGG-3’, nodA-2 5’-GGNCCGTCRTCRAAWGTCAR-3’. Produkty reakcji PCR oczyszczono komercyjnym zestawem Clean-up, jakość i ilość produktów sprawdzono spektrofotometrycznie. Usługę sekwencjonowania zlecono firmie GENOMED.