ATLAS

A database of standardized all-atom molecular dynamics simulations, accompanied by their analysis in the form of interactive diagrams and trajectory visualization. ATLAS offers a large-scale view and valuable insights on protein dynamics for a large and representative set of proteins, by combining data obtained through molecular dynamics simulations with information extracted from experimental structures.本数据库收录了经过标准化处理的全原子分子动力学模拟（all-atom molecular dynamics simulations）数据，并附带以交互式图表与轨迹可视化形式呈现的配套分析结果。ATLAS通过整合分子动力学模拟获取的数据与从实验结构中提取的信息，为大量具有代表性的蛋白质集合提供了蛋白质动态特性的全局视角与极具价值的研究洞察。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

ATLAS是一个专注于蛋白质分子动力学模拟的数据集，提供标准化的模拟轨迹和分析结果，支持交互式可视化和下载。数据集包含1938个蛋白质条目，整合了结构信息（如PDB、二级结构）和动力学指标（如RMSF、TM-score），并关联UniProt元数据以便于查询。其特点在于支持高级搜索功能，包括基于序列和结构的相似性搜索。