Popgen Stats from Hufford et al. 2012 Nat. Gen.
收藏figshare.com2023-06-01 更新2025-03-21 收录
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资源简介：
Summary statistics for 10kb windows genome-wide and for genes in the maize v2 filtered gene set. Data are from Hufford et al. 2012:
http://www.nature.com/ng/journal/v44/n7/full/ng.2309.html
See details in the paper for criteria for calling SNPs, data used for statistics, etc.
Columns are:
locus: GRM name of gene in the filtered gene set
S: number of Segregating sites
ThetaW: Watterson's estimate of theta (per locus)
ThetaPi: nucleotide diversity (per locus)
ThetaH: Fay and Wu (2000) estimator (per locus)
TajD: Tajima's D
seqbp: # of bp sequenced. this should be used as the denominator to calculate per bp. values of the above statistics.
本数据集提供了针对10kb基因组窗口以及玉米v2过滤基因集中的基因的汇总统计数据。数据源自Hufford等人于2012年的研究，具体信息请参阅原文：http://www.nature.com/ng/journal/v44/n7/full/ng.2309.html。论文中详细阐述了SNP调用标准、用于统计的数据等信息。数据集包含以下列：
- 突变位点：过滤基因集中基因的GRM名称
- S：分离位点数量
- ΘW：Watterson的Θ估计值（每位点）
- Θffi：核苷酸多样性（每位点）
- ΘH：Fay和Wu（2000）估计值（每位点）
- TajD：Tajima的D值
- seqbp：测序碱基对数。该值应作为分母，用于计算每碱基的上述统计数据。
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