Hydrophobicity and hydrogen bonding terms (in ) in the HP-HB-SS model.

Figshare2015-12-02 更新2026-04-29 收录

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Hydrophobicity and hydrogen bonding terms (in ) in the HP-HB-SS model.

创建时间：

2015-12-02

compsciencelab/mdCATH

分子动力学

计算生物物理

mdCATH数据集包含5,398个CATH域的全原子系统，使用最先进的经典力场建模，并在五个温度（从320 K到450 K）下进行五次模拟。数据集的大小包括134,950条轨迹、62.6毫秒的总采样时间、11,671,592个原子、740,813个氨基酸、464纳秒的平均轨迹长度、2,162个原子的平均系统大小、137个氨基酸的平均域长度以及3.3 TB的总文件大小。

Hugging Face2024-11-30 更新560

Simulations POPC bilayers (512 lipids) in a 150 mM Na+CL- water solution (310K) using charmm36 ff in gromacs

脂质双层膜

计算生物物理

Collection simulations of POPC (512 lipids) bilayers in gromacs using the charmm36 force field. The list of systems can be found below where the several parameter are: 1) POPC_512_310K (500ns) 2) PO

NIAID Data Ecosystem60

Molecular dynamics trajectories of protein folding

蛋白质折叠

分子动力学轨迹

Molecular dynamics trajectories of protein folding are deposited for educational purposes. Currently, the following trajectories are available: Chignolin (five independent NVT simulations up to 1.5 mi

Zenodo2022-03-13 更新40

ARC_DATA.xlsx

蛋白质折叠

生物物理学

Unfolding and Refolding Rips Dataset of the mechanical unfolding of ARC-L1-ARC protein. Paper Title: The Energy Cost of Polypeptide Knot Formation and its Folding Consequences

DataCite Commons2020-09-01 更新350

Nanosecond_Based单链核酸纳秒链动力学研究模型与代码数据

分子动力学模拟

计算生物物理

本数据集包含单链核酸（如dTab19、dA19、dC19、dT19、rA19、rC19、rU19）的纳秒链动力学研究相关文件，涵盖片段库、HCG模型、距离分布数据及BioEn重加权Fortran代码，支持核酸分子动力学模拟与分析。

海数据40