miRTarBase

miRTarBase has accumulated more than three hundred and sixty thousand miRNA-target interactions (MTIs), which are collected by manually surveying pertinent literature after NLP of the text systematically to filter research articles related to functional studies of miRNAs. Generally, the collected MTIs are validated experimentally by reporter assay, western blot, microarray and next-generation sequencing experiments. While containing the largest amount of validated MTIs, the miRTarBase provides the most updated collection by comparing with other similar, previously developed databases.

miRTarBase已累计收录超过36万条miRNA-靶基因互作（miRNA-target interactions, MTIs）数据。此类数据的收集流程为：先对文献文本开展系统性自然语言处理（Natural Language Processing, NLP），筛选出与miRNA功能研究相关的学术论文，随后通过人工调研相关文献完成数据采集。
所收录的MTIs通常均通过报告基因实验（reporter assay）、蛋白质印迹（western blot）、基因芯片及下一代测序实验得到了实验验证。
尽管miRTarBase是当前收录经实验验证的MTIs数量最多的数据库，但其仍通过与其他已发布的同类数据库进行比对，实现了数据集的持续更新与完善。

搜集汇总

背景与挑战

背景概述

miRTarBase是一个专注于实验验证的microRNA-靶标相互作用（MTIs）的权威数据库，包含超过380万条相互作用记录，基于近1.4万篇科学文章整理。该数据库通过整合LLAMA3模型提升了数据检测准确性，并新增了miRNA在药物耐药性、治疗策略和生物标志物应用方面的数据，例如hsa-mir-122-5p与药物索拉非尼的相互作用案例，同时扩展了高通量验证方法以确保数据质量。